一般来说，心内膜炎可以通过以下两种方法进行治疗。
一、一般治疗，患者应该保持良好的心态，避免辛辣刺激的食物，同时应该避免剧烈运动和过度劳累，有助于改善心内膜炎患者的不适症状。
二、药物选择致病菌不明确者，可选用内酰胺环类及氨基苷类抗菌素。上述药物可以用于革兰氏阳性的细菌，也可以用于革兰氏阴性杆菌的感染。
一般情况下，亚急性心内膜炎可以采用以下方式进行治疗：
亚急性感染性心内膜炎常在风湿性心脏病及先天性心脏病的基础上发生。患有亚急性心内膜炎，患者可以在医生指导下使用氟康唑、酮康唑等药物进行治疗。病情比较严重的时候，患者还可以采用外科手术的方式进行治疗。平时注意休息，不要过度劳累，不要食用辛辣刺激的食物。
通常来说，感染性心内膜炎赘生物的治疗是药物治疗、手术治疗。
感染性心内膜炎可能导致心脏瓣膜破裂、穿孔、腱索断裂、心肌脓肿等，所以要根据血液培养和药物敏感性试验选用敏感的抗生素。当抗生素治疗无效的时候，肿瘤在使用抗生素时体积变大，二尖瓣赘生物超过10cm，或肿瘤在二尖瓣关闭边缘时，应及早进行外科手术。
亚急性心内膜炎治疗首选足量足疗程应用相关的药物，用药疗程要长，一般要六周以上。出现亚急性的心内膜炎症状考虑可以用营养心肌的药物同时，注意休息，吸氧治疗，要减轻心脏的负担的，需要定期抽血检查心肌酶谱。
感染性心内膜炎疗程亦要足够长，力求治愈，一般为4～6周。对临床高度怀疑本病，而血培养反复阴性者，可凭经验按肠球菌及金黄色葡萄球菌感染，选用大剂量药物治疗2周，同时作血培养和血清学检查，除外真菌，支原体，立克次体引起的感染。若无效，改用其他杀菌剂药物，感染心内膜炎复发时，应再治疗，且疗程宜适当延长。