有可能是平时运动量太少，机体不适应突然大强度的运动，运动时肌肉会产生代谢物：乳酸。不及时代谢出去会让人感觉酸疼，这种反应是人的正常生理表现，一般做强度较大的肌肉训练或者是新的运动项目，由于机体不适应，就会有受力部位的疼痛。
早上5点起床，破坏了生物钟，对人体还是有一定危害的，比较常见的就是生理障碍，比如失眠、头昏脑胀、乏力、食欲不振，甚至出现腹痛、腹胀、便秘等。主要取决于在前一天晚上睡眠时间是否达到正常的要求，以及最近的工作压力是否大。
早上起床腰疼活动一会就好了可能是以下原因：
1.早上起床时腰背肌肉没有运动，导致肌肉粘滞，最初的运动肌肉筋膜与皮肤的摩擦电阻大，导致腰酸。运动后，肌肉的体温和运动的阻力都会降低，这种情况下，疼痛也就会消失。
2.可能是腰部筋膜慢性炎症发炎。长期的劳损可引起腰部筋膜发炎，早晨起来活动时腰部会有酸痛感，运动一段时间后，体内的炎症成分被血液排出，腰部的疼痛减轻。
腰痛为酸胀痛，休息后可缓解，但卧床过久又感不适，稍事活动后又减轻，活动过久疼痛再次加剧。可能是腰肌劳损，疼痛部位进行理疗，以及手法和力度适当的推拿、按摩。适当休息，定时改变姿势，避免弯腰持物等是减轻症状、防止再发的根本方法。
很有可能是属于腰肌劳损引起的症状，稍微活动一下，血液循环会改善，所以就不会疼痛了，去医院拍个腰椎x光片检查一下，首先睡觉之前可以用热毛巾热敷，促进血液循环，这个也可以到医院做一下针灸推拿治疗。
考虑是跑步运动引起脑部血管痉挛引起的疼痛现象。脑血管痉挛是指颈内动脉或椎基底动脉系统的动脉硬化斑块使血管腔狭窄和出现血流涡流，当涡流加速时，刺激血管壁致血管痉挛。
