巧克力囊肿是肿块但并非肿瘤，如果囊肿较小，不会影响怀孕，如果较大直径达到或超过3厘米者，应及时采取治疗。手术去除后才能考虑怀孕。平日里注意饮食，不要吃辛辣油腻的食物，尽量避免性生活。必要时去医院就诊。
巧克力囊肿常伴有原发、继发不孕史或继发性痛经，或有不明原因的盆腔疼痛和性交痛等。去内诊检查，囊肿下缘有明显的触痛。腹腔镜检查是诊断最可靠的方巧克力囊肿法之一。因此可以通过有效的检查手段到专科医院明确病因后对症治疗以免延误病情。
治疗方法主要采用药物、手术治疗、激素疗法。中医可以通过中药调理，帮助卵巢恢复正常的排卵，达到正常的受孕。有条件的医院，腹腔镜手术应为内异症的首选治疗方法，治疗期间饮食要清淡，不要吃辛辣刺激食物。
巧克力囊肿是一种子宫内膜异位症的表现形式，目前认为以腹腔镜确诊、手术加上药物为内异症治疗的金标准。有条件的医院，腹腔镜手术应为内异症的首选治疗方法。但腹腔镜手术的选择及效果在很大程度取决于设备、器械和手术者的经验及技巧。开腹手术可用于腹腔镜条件不具备或非常复杂的手术，如严重粘连和有多次手术史者。治疗时需要去正规大医院。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种。目前治疗内膜异位症的药物，在服药期间一般月经停止来潮，痛经的症状可以得到缓解。药物治疗会使巧囊的体积有所缩小；在饮食方面要注意尽可能的平淡一些，远离刺激性大的食物。不吃蟹、虾、羊肉、咸鱼、鳗鱼等食物。
还是比较严重的，巧克力囊肿为子宫内膜异位症的一种表现形式，药物治疗效果较差，可考虑腹腔镜切除，因为是子宫内膜异位症的一种，就是在来月经的时候会有进行性加重的腹痛。