一般来说，直肠给药对孩子没有太大影响。
通常宝宝吃药配合性差，口服药不容易灌进去，比如说发热、高烧，有时候伴有呕吐，不能通过口服给药，这时可以通过直肠给药。
一些药如退热栓，开塞露，它的设计就是为了直肠给药的途径而设计的，这种药直肠给药很安全。另外一些刺激性比较大的药，对胃肠道刺激很大，气味难闻，孩子难以下咽，它也可以通过直肠给药。
直肠给药插管时造成直肠黏膜的损伤，或者是一些刺激性大的药物会造成直肠粘膜水肿，但通常这些副作用不是太严重的。
直肠给药有利有弊，直肠给药主要比服用药物吸收更安全，而且避免了宝宝肝肾功能的损害。同时也解决了一些宝宝吃药难的问题。但是直肠给药，也会给宝宝带来一些紧张害怕的心理问题，会导致宝宝反射性的便秘，不敢大便用力。
宝宝直肠给药的好处主要包括：以治疗便秘，排除宿便，清除毒素，由于宝宝肠道蠕动功能减弱进而引起肠内容物难以排出体外形成便秘。长期便秘会导致毒素吸收进而引起腹胀、腹痛等不适，通过直肠给药可以快速缓解宝宝便秘症状。
小孩发烧大多数是上呼吸道感染引起的，直肠给药治疗能够通过肠粘膜吸收，对孩子的刺激性较小，不会产生耐药性。应该通过直肠给药治疗效果较好。要合理喂养，按时添加辅食，清淡饮食，多喝水，适当的补充维生素d和钙剂。
小儿直肠给药副作用较小，痛苦小，吸收较快，操作简单，比口服安全，是种很好的给药方法。
口服药要经过肝肠循环，进入血液循环后才能发挥作用，会损伤肝脏。直肠给药吸收快，药力不减，肝脏没有负担。不想口服药物可以通过直肠给药，肠黏膜吸收药物进行治疗，比较安全，除了药物的副作用，很少有不良反应，患者要多喝水，清淡要清淡，有预防幼儿疾病的效果。直肠给药要及时排便，给药后20分钟内不要大小便，适当抬高臀部有助药液吸收。
直肠给药容易刺激宝宝肛门周围血管破裂出血，容易导致宝宝拉肚子。而且直肠给药剂量比较偏大，容易导致宝宝形成依赖或者是对药物产生耐药。首先，能口服不给宝宝采用灌肠的方法或者是直肠给药的方法，是可以偶尔使用的，但是不主张经常使用。