由于人群不同，生殖系统感染做的检查也不同。
在女性中，主要是做白带检查、妇科超声检查、宫颈刮片等三项检查。若女性阴道内有大量的白带和分泌物，可直接使用显微镜检查，观察是否有细菌和真菌。检查子宫、附件及盆腔积液时，可用于妇科彩超检查，男性则做精液检查。
外阴部检查查看阴道黏膜表面是否光滑，质地是否正常，有无出血点，阴道分泌物的性状及气味是否正常。白带常规检查是否有妇科疾病，如患有性传播疾病，先彻底治疗，然后再怀孕，否则会引起流产，早产等危险。宫颈检查确定女性是否患有宫颈炎症，宫颈糜烂和赘生物等，子宫及附件检查查看女性是否会患有子宫肌瘤，卵巢肿瘤，子宫内膜异位症，盆腔炎等妇科疾病。
生殖道感染一般需要进行实验室检查或者影像学检查来确诊。
如果有泌尿系统感染，男性可以做尿常规和尿培养。如果是精囊炎，可以做核磁共振，如果是前列腺炎，可以做肛门指诊，或者是按摩前列腺，做前列腺液检测。女性可以做白带、妇科彩超、宫颈刮片等检查。
生殖系统传染病通常会做血液化验、皮肤情况检查、分泌物化验等检查。
生殖系统传染病指主要通过性接触传播的一组传染性疾病，主要包括尖锐湿疣、梅毒、艾滋病、生殖器疱疹等。如果患者想要明确病情，通常需要做尿常规、血液化验、皮肤情况检查、分泌物化验、常规精液分析等检查。
生殖系统肿瘤检查主要有CT及核磁共振成像，B超，血液学检查，宫颈涂片检查，内窥镜检查，阴道镜检查，活组织病理检查，通过不同的方法，可以对这些物质进行检测，从而协助诊断肿瘤。
生殖科由男性生殖和女性生殖两部分组成。
男性生殖科既可对男性进行性功能检查，也可对精液进行检测，以了解有无男性不育的情况。
女性的检查项目就比较多，包括输卵管情况检查、卵巢功能检查排卵检查等，并对综合因素进行考察。
不孕症的发生受到多种因素的制约，因此，在生殖科应进行细致的检查，明确不孕的原因。