一般情况下，衣原体尿路感染患者可在医生的建议下服用四环素类、大环内酯类、喹诺酮类等药物，如阿奇霉素、多西环素、红霉素、左氧氟沙星。
原体尿路感染是指由衣原体感染所引发的泌尿系统的炎症，会出现尿急、尿痛与排尿困难，晨起排尿前尿道外口有少量浆液性分泌物的症状。
常用的药物主要有四环素类、大环内酯类、喹诺酮类，首选阿奇霉素、多西环素，替代方案也包括红霉素、左氧氟沙星。一般治疗结束之后，3-4周复查一下。治愈的患者，在治疗3个月内要重复的检测，避免复发。对于健康携带者以及患者的性伴侣都应该进行积极的诊治，以免再次复发，随时复诊。
衣原体感染有不洁性交史，出现尿频、尿急、尿痛、排尿不适、尿道口黏液性脓性分泌物的临床表现，尿道或宫颈管分泌物淋球菌镜检及培养阴性，衣原体血清学检查及培养阳性，尿道分泌物涂片镜检白细胞＞5/HP，或尿沉渣白细胞＞10/HP可以进行衣原体检查。
支原体衣原体尿路感染在治疗上主要是针对药敏试验，选择敏感的抗生素治疗。选择敏感的抗生素治疗后，可以是经脉点滴或者是服用，另外，每天穿的内衣服尽量是高温消毒可以热水煮过之后，放在太阳下晒。家里若是有坐便器也要做好消毒工作。平时要注意个人卫生。
泌尿系感染按其发生的位置可以区分为上泌尿系和下泌尿系。上尿路炎症是一种常见的尿道炎症，主要表现为发热、腰痛、尿频、尿急、尿痛等。
上泌尿系统的感染主要有白细胞、红细胞、蛋白管型、细菌等。尿液中的细菌培养是菌落的五次方以上，同时还会增加白血细胞和嗜酸性粒细胞。肾盂肾炎在临床上以膀胱炎症为主，而下泌尿系统的炎症则可能会导致肾病的发生。下泌尿系统的炎症以膀胱刺激为特征，常见的有下腹部不适、酸胀等不适，少数全身症状有寒战、发热等。口服碳酸氢钠或枸橼酸钾碱化尿液，必要时可用盐酸黄酮哌酯或抗胆碱能类药物，以缓解膀胱痉挛、减轻膀胱刺激症状。
