一般情况下，药物流产后流不干净，做清宫手术是会疼的，属于正常的反应。
清宫手术的疼痛感主要是清宫时扩张宫腔带来的，在医疗器械进入宫腔内的刮宫过程也会疼痛，因此药物流产后流不干净，做清宫手术是会疼的。在采用无痛的清宫手术后，麻药药效过后，也会有轻微的疼痛感，但是一般在可以承受的范围内。
日常生活中女性要注意多休息，坚持清淡饮食，不要吃辛辣、刺激的食物，有利于病情的恢复。
药物流产后宫腔里如果有残留物，不清宫可能引起大出血或者宫腔内感染，导致出现宫腔粘连。如果是小的残留物，我们可以吃中药进行调理，将残留物排除。如果是大的残留物，通过中药不能将其排出，患者会出现阴道持续性的流血，还会伴有宫腔里面的感染，以及盆腔附件等部位的感染，对女性来说是非常不利的，患者会出现发烧、腹痛、阴道持续性流血等不适的症状，严重的时候会出现头晕、心慌、气短等非常严重的并发症。建议：在手术之后也要注意保养和抗菌治疗，否则也有可能会导致患者因为术后感染，损伤到正常的生育功能，导致各种生殖器官炎症的产生。
一般情况下，药物流产不干净不清宫会导致贫血、盆腔炎等问题。
药物流产如果不干净，检查发现有宫腔残留组织，一般需要尽快进行清宫处理，否则容易导致贫血、盆腔炎、子宫内膜炎等情况，严重时残留组织还可能会发生机化，进而对以后正常的月经来潮和生育造成不良影响。所以一旦出现药物流产不干净的情况，患者需要听从主治医生的建议，尽快进行清宫。
药物流产需要10-14天左右流干净。
女性在怀孕后可以通过药物流产或是人工流产将孕囊排出，如果选择药物流产的话，一般在服药后的第三天就能排出，排出时间在2-3个小时，且在10-14天才能完全流干净。如果在14天后仍然出现出血的情况，需要及时前往医院进行检查，如果宫腔内仍有残留物，需要进行清宫手术将残留物排出，避免出现感染。
药物流产是可以不进行清宫手术的，但是需要观察具体的表现，定期去医院进一步检查确诊。流产后要注意休息，注意加强营养进行调节控制，药物流产后注意保暖，一个月禁止性生活。
通常情况下，流产后没流干净一般可以通过药物、手术等方式进行治疗。
女性要尽快的清理体内的残余物质，否则会影响到子宫的收缩，从而诱发各种妇科疾病和月经紊乱。建议去医院做一下彩超，发现有少量的宫内残留物，可以口服新生化颗粒、米非司酮等。如果有大量的宫内残留物，可以进行清宫手术。手术后可以在医生的指导下口服抗生素，防止感染。