本药物副作用较为严重，可表现为胃肠道反应，患者服用后会出现腹部不适、腹泻、便秘等临床表现，部分患者还会出现身体乏力、头痛、性欲减退、阳痿等症状。患有胆结石、肝肾功能不全的患者不宜服用，可以加重胆囊疾病的症状，引起转移酶升高等症状。
孟鲁司特上市使用后有以下不良反应报告，夜梦异常和幻觉、嗜睡、兴奋、激惹、包括攻击性行为，烦躁不安、失眠、感觉异常/触觉障碍及较罕见的癫痫发作、恶心、呕吐、消化不良、腹泻、ALT和AST升高，罕见的胆汁淤积性肝炎，关节痛，包括肌肉痉挛的肌痛；出血倾向增加，挫伤，心悸和水肿。
非诺贝特副作用如下，腹部不适、腹泻、便秘。神经系统不良反应包括乏力、头痛、性欲丧失、阳萎、眩晕以及失眠。引起肌炎、肌病和横纹肌溶解综合征，导致血肌酸磷酸激酶升高。有使胆结石增加的趋势，也可能引起胆囊疾病，严重者需要手术治疗。
容易引起上呼吸道的感染，在血液和淋巴系统会使出血倾向增加，免疫系统会有过敏反应的超敏反应，罕见的肝脏嗜酸粒细胞浸润，中枢神经系统方面，会使患者出现攻击行为以及敌对性的兴奋、焦虑、抑郁、幻觉、失眠、烦躁不安、眩晕、嗜睡以及比较少见的癫痫发作。还会有心悸，腹痛、腹泻、消化不良、恶心呕吐等胃肠道症状。也会使肝功能异常，出现谷丙转氨酶以及谷草转氨酶的升高。
副作用出现轻微的过敏反应，出现血管性水肿或者皮疹，出现皮疹的时候还会有皮肤瘙痒。有的人会出现精神方面的异常，比如会做梦比较严重或者出现轻微幻觉，会有嗜睡现象，有的人会出现兴奋、激惹，包括出现攻击性行为，还会出现烦躁不安或者失眠的现象。
