冲击波碎肾结石对肾有一定的伤害，具体分析如下：
用冲击波碎石治疗肾结石肯定会对肾脏造成伤害。容易造成肾实质硬化、肾脏周围血肿，甚至出现肾脏萎缩，所以一定要严格掌握体外冲击波碎石的指征，2cm以下的肾结石可以尝试冲击波碎石，并且要严格控制碎石的频率，一个月内不能超过两次，间隔至少一周，一年内不能超过四次。碎石后可以口服排石药物，口服金水宝胶囊等保护肾脏功能的药物。
一般来说，肾结石如果采用体外冲击波碎石会有疼痛。但患者的痛苦会小一些，但是如果肾结石被排出体外，在此过程中患者会感觉到疼痛。因为肾结石排出时，首先要经过输尿管，通过输尿管滑行时，会引起输尿管痉挛。当输尿管痉挛时，患者肾盂内的压力会急剧增加，从而引起腰部疼痛，这种疼痛通常属于绞痛，这种疼痛比较剧烈，除了输尿管结石引起的剧烈疼痛外，还会出现恶心呕吐、尿急、尿频、尿痛、血尿等症状。
体外冲击波碎肾结石效果一般是较好的，体外冲击波碎石技术是目前比较成熟的一种技术，它对人体的伤害很小。
但是体外冲击波碎肾结石也有一些并发症，比如心律失常、加重原有的心脏病、导致脑血管意外、疼痛、恶心、呕吐等，需要打止痛药。输尿管结石在输尿管内堆积，会导致输尿管堵塞，肾脏功能受损，感染等，必须要及时的疏通，否则会出现输尿管狭窄、输尿管水肿、硬化等情况。
体外冲击波碎石技术是治疗泌尿系统结石的有效方法，是一种较为成熟的技术，虽然其创伤较小，但治疗后仍存在一定风险及并发症，例如引起心律失常或者加重原有心脏疾病发生脑血管意外，疼痛不适，恶心呕吐，必要时须注射止痛剂，严重时发生血尿，绝大部分病人治疗后发生一般不用处理可治愈，如出现血尿不止，需及时治疗和处理，胃肠痉挛，肠壁水肿，消化道出血，肺部损伤，多部位皮肤发红，皮下瘀斑，全身水肿。
体外冲击波通常可以治疗肾结石，建议患者积极进行治疗，具体分析如下：
体外冲击波可用于肾结石的治疗。对于直径小于2cm的肾结石和输尿管上段结石，体外冲击波的治疗成功率比较高。如果肾结石体积较大，并有严重的肾积水，一般不建议使用体外冲击波治疗。CT结石的CT值大于900U也不推荐。肾结石可以通过体外冲击波裂解结石。结石比较大，需要分阶段完成。如果有感染，建议在碎石前控制感染。
一般情况下，肾结石在输尿管上段，排出的时间需要根据患者的具体情况进行判断。具体情况分析如下：
假如石头很细小，例如0.2厘米，多饮水，也许1-2天后就会被清除。超过1.0cm的结石不排除自身排泄的可能。要通过B超来判断结石的大小、数量、肾积水的程度，然后再确定具体的治疗方法。对于直径在0.5cm以下的结石，需要在一星期内进行排石。在直径超过0.6cm，低于2.0cm的情况下，采用体外振动法进行碎石。经输尿管镜下，采用钬激光进行结石治疗。