主要是方法是手术治疗。治疗目的是为了恢复上唇正常形态和正常的语言功能。目前国内外公认唇裂手术时间为生后3个月。腭裂为生后18个月。本病有一定的遗传性，预防的关键在怀孕的前三个月应该避免服用镇静类和抗癫痫类药物。
唇腭裂的发生和遗传有一定的关系，还和环境因素有关，在妊娠前三个月内，当母体的生理状态受到侵袭或干扰时，就可能影响胚胎颌面部的生长发育。孕期注意定期做孕检，注意休息，保持心情舒畅。
对于唇腭裂的原因来讲，引起发育和综合障碍的确切原因或发病机理现在尚未完全明了。大概通过实验和流行病学的观察以及调查结果，可分为多种因素影响的，而非单一因素所致。一般包括遗传因素和环境因素两个方面，并与营养、遗传、环境、内分泌等因素有关。
对于唇腭裂患者的最佳手术时间，原则上是越早治疗越好。唇裂手术在患者机体免疫力健全的情况下，最早可在出生后24小时内手术，也可在出生3个月后，因为这时不仅婴儿的免疫力较强，可以耐受感染，而且这时机体的组织细胞也都很幼稚，不易形成瘢痕，为术后畸形恢复，创造良好的条件。而腭裂手术最早也要在婴儿出生后6个月以后进行。
先天性唇腭裂修复可以通过纹唇手术的方法，注意口腔的清洁和卫生。纹唇手术属于一种微创的手段，可以通过局部的小切口进行开刀手术，改善嘴唇厚或者是嘴唇畸形的现象，有利于修复先天性唇腭裂，让嘴唇变得更加的性感。手术恢复期间可能会有肿胀或者疼痛的症状，吃一些流质的食物。
改良兰氏手术治疗：沿裂缝边缘做一纵切口，将粘膜切开；沿压槽突内侧做一松弛切口，在将鼓膜玻璃器自松弛切口插入，将硬腭骨膜完全掀起。腭裂整复手术：利用裂隙邻近的组织瓣封闭裂隙，延长软腭，将错位的组织结构复位，以恢复软腭的生理功能。