病毒性扁平疣由人乳头瘤病毒感染机体所致。
患者被人乳头瘤病毒感染时，病毒可以在皮肤组织内大量复制。人乳头瘤病毒常通过皮肤直接或间接接触传播，因此，病人可在与其他感染者有肢体接触，如握手，或者在共用毛巾之类私人物品时感染。人的免疫力出现异常下降的时候，人乳头瘤病毒感染的可能性增加。
一般情况下，脸上长扁平疣是在人体受到人乳头瘤病毒感染后引起的。
若患者免疫力较低，存在皮肤破损的情况，便可能受到人乳头瘤病毒入侵，进而容易在面部、手背、前臂等区域出现扁平疣，通常表现为大小程度不等的良性赘生物，所以脸上长扁平疣一般是在人体受到人乳头瘤病毒感染后引起的，可能呈现为正常肤色、灰白色、淡褐色等，一般不会引发明显不适。
脸上生长扁平疣，主要是人类乳头瘤病毒感染之后导致的这种症状，皮肤表面生长的物质主要是扁平的丘疹样组织，用手触摸可以感觉到质地比较坚硬，严重者可以散发到全身。可以使用一些药膏，可以有效的抑制住病毒的代谢，并且促进皮肤分化，让扁平疣快速消退，并且防止复发。
扁平疣是病毒感染引起的，通过皮肤接触传染，大多数人是间接传染导致的。比如说用了扁平疣病人的剃须刀，枕头，毛巾。也有人是被自己手背或是其他地方的扁平疣传染到了脸上，被感染者通常面部有一些划伤之类的小外伤。因为扁平疣相对来说体积较小，不易引起重视，有些人会误认为是黄褐斑，手上接触了自己的疣体再与别人有皮肤接触的时候就有可能传染给别人。
引起这个疾病的病因主要是由于没有注意清洁卫生所造成的一个病毒感染，平时一定要注意保持局部皮肤的清洁，不要去搔抓局部的皮肤，在治疗方面，目前应用最广的方法是采取冷冻切除治疗。
扁平疣主要是通过直接接触传染，但是也可通过污染物，如针、刷子、毛巾等间接传染。另外，外伤也是引起传染的重要因素，还有机体免疫力低下的人也比正常人容易传染到扁平疣。