月经总是不干净可能是女性出现了阴道异常，分为功能性异常和器质性的异常。女性出现功能性阴道流血的原因主要是内分泌失调，黄体萎缩不完全。子宫内膜息肉、子宫肌瘤等都会导致女性出现器质性的阴道流血，由于黄体萎缩不全引起的。可以采用中医或者西医的方法进行调经，如果是由于子宫内膜息肉引起的月经周期较长，可以在宫腔镜下进行手术，如果是因为子宫内膜息肉引起的月经周期过长，可以在宫腔镜下进行手术，如果是子宫肌瘤，可以根据实际情况来进行手术。
月经干净的第一天同房不会怀孕。
这个时候卵泡还在发育阶段，里面还没有成熟的卵子，精子在进入女性生殖器官后就不能受精卵了。只有在排卵期的时候才会怀孕，通常是在下一次月经来潮的十四天左右，阴道分泌物会呈水样、透明、拉丝状，通常会持续1-2天，因为精子可以在体内生存2-3天，因此在排卵后3-5天是排卵期，这时候同房更容易怀孕。
导致月经总是不干净的原因可能是全身性的因素，也可能是局部的妇科病变，全身性疾病如血液病等，妇科疾病如子宫肌瘤，子宫内膜癌，输卵管癌，卵巢肿瘤等，再有怀孕后流产。
吃避孕药可以让月经干净的快。女性的月经是子宫内膜脱落形成的。正常的月经周期是由卵巢内分泌影响的，子宫内膜的增生和脱落都是受到激素的影响。在月经期的时候子宫内膜脱落，使用激素可以加快子宫内膜的修复。
正常状况下，月经出血大概在3到5天左右，基本不会超过七天。月经完全干净后就不会再出现褐色分泌物或者是出血的现象。如果需要诊断的话，可以通过做B超检查，看宫腔内是否存在淤血。