以消除病因、增强体质、对症治疗为主。治疗方法应该坚持全身治疗和局部治疗相结合，中西医治疗相结合，生理和心理治疗相结合，对症治疗。口服维生素B、C和增进机体的抵抗力，有助于溃疡的愈合。
口腔溃疡很容易复发，所以不能够完全的治疗，但是可以通过正常的休息，锻炼，调节好心情，饮食来减少复发的可能。一定要尽量做到规律作息，保证睡眠，适当的体育锻炼，保持口腔清洁，饮食全面适度，多吃含维生素和微量元素的食物。
口腔溃疡治疗一般是对症治疗，局部用治溃疡的药物，然后全身增强免疫力，加强体育锻炼增强体质。如果是精神因素造成，要自我调节，不要熬夜、挑食，多吃蔬菜、水果。也可以使用激光进行口腔溃疡的治疗，在诊室用激光对溃疡进行照射。
清洁口腔后，用消毒棉签将蜂蜜涂於溃疡面上，15分钟左右后，可咽下，再继续涂拭，一天可重复涂拭数遍，也可以取一到三维生素片研成碎末，覆盖在溃疡面上，不到十分钟即可解除疼痛，不出半天就好了。这种治疗方法效果比较显著。
口腔溃疡反复发作应该是复发性口腔溃疡的情况，又称为复发性口疮，和多种因素有关系，其中包括免疫因素、胃肠道因素、感染因素、精神压力大、微循环障碍、微量元素和维生素缺乏都有关系。可以通过补充微量元素，增加免疫力以及药物治疗。
反复复发性口腔溃疡要注意增加维生素摄入量，局部用锡类散，冰硼散，养阴生肌散进行涂抹，促进伤口的愈合，预防感染，复发性口腔溃疡和免疫力低下，胃肠消化功能不好，遗传因素，微量元素缺乏及维生素缺乏，微循环障碍，精神压力大等都有很大的关系。