早晨起床口臭大部分的原因是厌氧菌感染，入睡后不咀嚼，唾液分泌量小，口腔环境封闭而稳定，利于厌氧菌和其它细菌生长繁殖。也有少部分人，睡前没有刷牙，口腔里的食物残渣在细菌的作用下，会大量的发酵产生发酵的味道。
口臭有异味往往多是由于口腔或消化道感染厌氧菌或兼性厌氧菌所致，可以服治疗厌氧菌或兼性厌氧菌的药物；幽门螺杆菌感染所引起的口臭有异味，可以服用治疗幽门螺杆菌的药物。第一点，要十分注意口腔卫生，保持干净，每天晨起、睡前和饭后认真地刷牙漱口，必要时，用牙刷或洁净的毛巾轻柔地刷除舌苔。在治疗上，第一点要积极治疗原发病。对于口腔、消化系统、呼吸系统等可引起口臭有异味的疾病，要积极进行相应的治疗。
口臭它是属于口腔黏膜方面的一种疾病，比如口腔的环境比较差，或者是肠胃出现消化不良的时候，都有可能在早上的时候出现口臭的现象，而且口腔方面的疾病也有可能会导致这种问题，先到口腔科去做一下检查，看一下有没有牙齿方面的疾病，然后对症治疗。
考虑是由于平时不注意饮食卫生，长期的吃辛辣刺激食物过多饮食不规律，而出现了胃肠道消化功能紊乱，表现出的消化不良以及口臭。平时养成良好的饮食卫生习惯，多吃蔬菜水果，不要吃辛辣刺激的食物。
牙齿方面的原因，龋齿存在龋洞，食物残渣进入其中不易清理，容易引起明显的口腔异物；牙齿之间的食物塞牙，不能及时清理，可以引起口臭。牙龈、牙周组织的炎症，引起出血或者化脓，会有明显的异味。口腔内的其他感染，如智齿冠周炎以及引起的各种脓肿、间隙感染等都会引起非常明显的口腔异味。