巧克力囊肿手术可以选择开腹及腹腔镜两种。如果是开腹手术需要5千元-6千元；如果是选择微创手术腹腔镜，费用要高些7千元-9千元；因为巧克力囊肿的特殊性，术后是需要服用药物或是打针防止复发的。根据做的方法不同费用5千元-8千元；术后需要应用防止复发的药物。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，正常的子宫内膜是生长在子宫腔内的，当卵巢的部位，有子宫内膜生长时，来月经的时候，也会有咖啡色的东西形成，由于不能够排出，所以继续在卵巢内就形成了卵巢囊肿，又叫巧克力囊肿，因颜色似咖啡色，所以又称巧克力囊肿。
中医通息疗法。通息疗法：通过激活和增强人体的免疫系统（包括体液免疫和细胞免疫）使其增加体液免疫对致瘤因子的监控，促进淋巴细胞、单核吞噬和巨噬细胞对瘤体组织的吞噬作用，纠正导致瘤体的内环境调节，内部调理与穴位治疗相结合，局部治疗与整体调节相补充，从而达到标本兼治的原则，直通病灶，达到治病求本、标本兼治的治疗效果。
B超发现卵巢囊肿，明确告知囊肿是良性还是恶性，是否诊断卵巢巧克力囊肿，这是不现实的。b超可判定盆腔是否有囊肿，囊肿位置及囊肿内部结构，但不能诊断子宫内膜异位症。子宫内膜异位症有时很难与卵巢恶性肿瘤、结核病和炎性肿块区分开来。
卵巢巧克力囊肿是一种疾病，具体分析如下：
卵巢巧克力囊肿是因为子宫内膜异位在卵巢深处，经血无法及时排出，从而滞留在卵巢中，形成了一个囊肿，这种囊肿一般都是巧克力糊状，也就是所谓的卵巢巧克力囊肿。卵巢巧克力囊肿是由于子宫内膜异位所致，会出现痛经、月经紊乱等情况，甚至会出现不孕的情况。卵巢巧克力囊肿的治疗方法有两种，一是保守治疗，二是手术，如果病情不是特别严重，可以口服激素类药物。
有巧克力囊肿并不意味着无法怀孕。巧克力囊肿又称卵巢子宫内膜异位症囊肿，是引起痛经以及不孕不育的常见因素。如果是比较小的巧克力囊肿，临床症状不典型时可以先尝试怀孕，是有几率成功怀孕的。但是如果巧克力囊肿比较大，或者引起明显的痛经症状时，建议应该先进行手术治疗，同时在术后使用药物才能够提高术后的受孕概率。
