脑干梗塞早期很难根治，如果超早期达到溶栓的适应症，可以进行溶栓，如果效果好，可以溶解血管中的血栓，让血管重新开放，不会留下较大的后遗症。
但对于梗死面积大，血管动脉硬化严重，不稳定斑块破裂的病人，即使提前进行溶栓，一般也会留下一些后遗症，比如吞咽困难，肢体活动不良，麻木，偏瘫，语言迟钝，饮水呛咳等等。
脑干梗死严重。会累及到患者的意识，容易出现呼吸、心脏骤停甚至可危及到患者的生命。但并不是所有的脑干梗死都是非常严重的，脑干梗死的严重程度与否，与患者脑干梗死的部位、脑干梗死的面积都有密切的关系，比如延髓背外侧的梗死，容易有猝死的风险。
脑干梗塞，属于脑梗死中的较危重类型，经过药物治疗与康复训练，最后可以达到生活自理，具体要看个人的病情。
部分人群常有患者遗留吞咽困难，饮水呛咳，偏瘫等后遗症，康复也较为困难，轻症的患者，多由于梗死灶较小，位置不是十分重要，可无明显的后遗症，但是在影像学上会留下软化灶，提示部分神经细胞已经坏死凋亡，所以这类患者的恢复，也仅仅是临床症状的恢复，不代表脑神经完全恢复如前。
建议到正规的医疗机构去就诊，务必在医生指导下，规范用药，预防再次发作。平时注意不要吃不容易消化的食物，饮食以清淡营养为主。
可能会有头晕目眩、耳鸣耳聋、视物模糊、恶心呕吐、血压升高、口眼歪斜、面部麻木、吞咽困难、意识障碍、走路不稳、共济失调、复视、偏瘫、四肢瘫等症状，不同的人可能出现的症状不同。
脑干梗塞是指脑干梗死，临床上并没有确切的定义，脑干梗死发生后5-7天是最危险的。
脑干是中枢神经系统的主干，脑干梗死后会出现头晕、说话含糊、肢体偏瘫、吞咽困难等症状，严重的还会出现昏迷、应激性溃疡、呼吸衰竭等。脑干梗死后，还会有脑细胞水肿、颅内压升高、脑疝等症状，从而使病情恶化，严重的有生命危险。发病后5-7天是脑干梗塞的高峰期，因此有一定的危险性。
脑干梗塞重度昏迷可能会导致严重的后果，使病人出现呼吸衰竭而死、意识不强等。需要立即送到ICU进行严密的监护和维持，并对其进行气管切开、气管插管、呼吸机辅助呼吸。在药物方面，可加强脱水，降低脑内压力，减轻脑干水肿。对符合要求的患者行消融栓塞，无溶栓的患者行微循环、促进侧支循环、抗血小板聚集等措施。可以口服纳洛酮、醒脑宁等药物，如果出现高烧，可以使用冰帽进行物理治疗。对多种复杂的疾病进行治疗，保持器官的正常运作。