新生儿先天性心脏病的发病原因主要与环境因素、遗传因素等因素相关。
1、母亲在怀孕三个月期间受到了病毒的影响，特别是患上了风疹，母亲营养不良、糖尿病、高钙血症、辐射、服用过细胞毒的药品，母亲年纪太大，都会造成胎儿的先天疾病；
2、遗传因素：由于父母的生育细胞发生了染色体异常，所以患上了先天性心脏病。
3、其他因素：在高原上，由于孕妇在怀孕期间缺乏氧气，所以新生儿的先天性心脏病比较常见。
一般情况下，对出生缺陷进行产前诊断是十分有意义的。先天性疾病是先天性疾病，早期没有任何的征兆，如果没有及时的处理，错过了最好的治疗时间，所以治疗的结果并不是非常的好。而对新生儿进行早期的检查，可以使儿童早期发现、早期确诊、早期处理，从而提高新生儿的身体素质，减少婴儿和婴儿的死亡，提高儿童的预后。而检查的费用，也不算太高，只需要数百块。主要以心听诊法、经皮静脉血液氧饱和度测定两项方法进行筛查，既节省时间，又不会对胎儿造成损害。
新生儿先天性心脏病筛查的方法，主要通过医生的临床查体和心脏的超声检查来进行，医生通过心脏的叩诊和心脏各瓣膜区的听诊，来判断新生儿是否有心脏的异常，如果发现有病理性的杂音，再进一步进行心脏超声的检查。
婴儿出生后皮肤是否持续地发紫。孩子是否有反复出现神志不清的情况。发育比同龄儿童明显迟缓，体重增加慢，体形消瘦，易出汗，若排除营养缺乏或佝偻病后，就极有可能是先天性心脏病引起的心功能不全。
先天性心脏病是能治好的。现在随着外科水平的提高也能得到治疗，先天心脏病通过内科的介入治疗或者外科的手术治疗都能够得到很好的治疗，会取得很好的疗效，在接触病人中，先天心脏病基本上绝大多数都可以得到治好的。可等宝宝年龄大一些再进行手术治疗。平时注意宝宝的护理工作，保持宝宝情绪稳定，注意营养的摄入。
原因尚不明确，环境因素和遗传因素相互作用。胎儿的心脏胚胎发育关键时期是在孕第3～8周，若母亲在此期间发生病毒感染，如巨细胞病毒、单纯疱疹病毒、风疹病毒等，导致胎儿患先心病和其他畸形的危险性增加。可能因素：妊娠糖尿病、接触职业因素、生殖系统感染、接触化学物、住新装修居室、服用药物、呼吸道感染、感冒发热、精神刺激、主被动吸烟、接触农药、接触噪声、孕妇饮酒、病毒感染、营养不良。