肾囊肿和多囊肾是两种不同的疾病，一个是后天性的；另一个是先天性的。肾囊肿是一种后天性肾脏结构异常，在成人中非常常见，而且随着年龄的增长发病率会越来越高，大部分情况下对肾脏不会产生影响，只要定期随访即可。
多囊肾和肾囊肿有本质性的区别，多囊肾是一种先天性遗传性疾病，目前的发病机制不清楚，肾小管梗阻有关，与肾单位不同部位的局部扩张有关。肾囊肿是一种后天性的疾病，它的发病机制是一段扩张的肾小管逐步增大，形成囊肿，会有多囊肝，囊肿是相通的，在肾脏会布满各种各样的囊肿，导致肾功能衰竭。肾囊肿多数为单发，或者散在多发，不会导致肾功能衰竭。
多囊肾囊肿不一定会遗传给孩子，要根据具体的情况作出判断。如果是多囊肾常染色体隐性遗传，疾病遗传孩子的几率比较低，如果是常染色体显性遗传性肾脏，则遗传给孩子的几率是比较高的，肾囊肿容易引起尿路的梗塞或感染问题，需要调整饮食结构，以清淡的食物为主，减少盐的摄取量，多吃蔬菜水果，不要吸烟喝酒和做剧烈的运动。
双肾囊肿不一定是多囊肾。多囊肾属于遗传性疾病，最常见的遗传方式是常染色体显性遗传，病人有双肾囊肿，两侧肾脏超过3个囊肿，同时有血缘关系的亲人中有类似的疾病病史，再合并多囊肝、多囊胰腺、肾衰、脑血管畸形等，基本可以诊断为多囊肾，否则囊肿数目再多也不能诊断多囊肾。
单侧多发肾囊肿不是多囊肾，多囊肾是因为基因异常引起的遗传性疾病，特点是双侧肾脏受累受累程度可以不一致，双肾布满大小不等的囊肿。多囊肾患者常常合并有多囊胰腺，多囊肝多囊脾脏，治疗比较复杂。我们所说的肾囊肿一般指单纯性肾囊肿，是后天形成，一般认为，肾囊肿来源于肾小管憩室。随着年龄的增长，肾囊肿发病率随之增长。肾囊肿可以表现为单侧，也可以表现为双侧可以表现为一个也可以表现为多个。因此，单侧多发肾囊肿不是多囊肾。
肾囊肿和多囊肾当然会有明显的区别，多囊肾是一种遗传性疾病，而肾囊肿是非常常见的一种疾病，如果诊断为肾囊肿，一般对人体不会有什么太大的影响。那如果是多囊肾，有可能会导致慢性肾功能不全，对人体的身体影响是非常大的。