对于脑干脑炎的患者，要先确定病因，其次要找到病因，比如病毒脑炎，霉菌性脑炎，细菌性脑炎，寄生虫性脑炎，免疫系统脑炎等。
要做好颅内核磁共振和脑脊液的病理检查和细胞学检测，明确病因，采取降颅压、抗感染、激素、免疫抑制剂等药物进行治疗，对于脑干脑炎要进行及时的处理，以免导致呼吸、心脏停止、各种并发症的发生。
一般来说，脑干损伤可通过药物治疗、日常调理的方式进行处理，具体分析如下：
针对出血引起的脑干损伤，建议通过手术的方式进行治疗；也可以用甘露醇进行脱水治疗，缓解症状；针对外伤或炎症引起的脑干损伤，可以在医生的指导下应用单唾液酸四己糖，神经节苷脂等药物，配合抗生素，糖皮质激素进行治疗。在日常生活中，患者要注意饮食健康，戒烟戒酒，以清淡和易消化的食物为主，忌辛辣刺激的食物，多吃新鲜的水果和蔬菜，少食多餐，不要暴饮暴食，保持心情舒畅，适当运动，比如慢跑、游泳等，有利于身体健康。
需要看看出血的具体的多少和平时的症状，如果出血过多也是有危险的，及时在医生指导下对症治疗，如果出血不是特别多后期可以康复训练也是可以恢复的出血后多少都会有一些后遗症。
通常情况下，脑干长肿瘤的患者在肿瘤还没有使周围的脑组织或者是颅神经血管受到损害之前做手术，可以可以完全切除肿瘤，并且治愈率很高。
脑干长肿瘤的患者配合治疗的同时，还应注意休养，避免劳累，注意保暖，多喝热水，多食用清淡的高蛋白食物，还可以适当的进行运动，比如做操、散步、打太极等，促进身体恢复的同时，还能提高免疫力。
通常情况下，脑干梗死可以通过手术治疗、理疗、使用药物等方式进行治疗。
脑干梗死病人会有眩晕、身体失衡、吞咽困难、喝水呛咳嗽等症状。若有吞咽障碍、饮水呛到，短时间内无法康复，则需将胃管切开，并保持胃管内营养，给予鼻内喂食，待病情平稳后，再进行平衡训练和针灸。病情较重的时候会表现为肢体瘫痪、肢体瘫痪等症状，大部分病人还会伴有颅内压力升高和脑积水，可以采用醒脑静、醒脑、甘露醇、甘油果等药物进行醒脑。
脑干是受人体其他脑组织保护的，所以很少会出现原发性损伤。脑干受损的病人，多数是由于外伤撞击所导致的，死亡率极高，一旦出现脑干受损病人，应立刻接受治疗。所有脑干损伤的病人都应立即做全身性检查，并且要时刻关注病人的各种体征变化，还要预防和有效的处理合并症出现。对于脑干损伤的病人，最佳治疗时间就是越早越好。