一般来说，胃镜的检查痛苦相对较重，具体分析如下：
随着医疗技术的发展，现在胃镜和肠镜的检查均可进行无痛操作，也就是在麻醉的状态下对患者进行检查。患者并不会出现明显的不适感。也就不存在肠镜和胃镜哪个更难受的情况。但是如果采用常规的肠镜和胃镜检查，因为没有麻醉和检查方式不同的原因，胃镜的检查痛苦相对较重。
相比较来说，胃镜的刺激比肠镜要稍微大一点。
胃镜和肠镜都是临床上常用的消化道内窥镜检查，胃镜检查通过下咽和食管进入胃，观察食管和胃的粘膜，是否有糜烂、胃炎、穿孔和梗阻，肠镜检查是通过肛门将一面镜子放入肠内，观察肠的粘膜，由于人体咽喉和胃的肌肉对刺激反应强烈，粘膜中的神经比肠中的丰富，所以胃镜的刺激大于肠镜。但大多数刺激都在可忍受的范围内，疼痛感较少，只是照的时候不能说话。
但肠镜的前期准备工作比胃镜难受很多，因为做肠镜需要喝泻药，不停地拉肚子直到拉水位置，到了照的时候由肛门进入也是比较难受的。
胃镜和肠镜能同时做。
胃镜和肠镜是可以同时做的，清理肠道后要注意不要吃东西，4个小时以后再进行胃肠镜。胃镜检查时患者左侧卧位口咬牙垫，然后用胃镜观察十二指肠和食管的粘膜。结肠镜是通过结肠镜从直肠、乙状结肠、降结肠、横结肠、升结肠，一直到回盲区，对所有结肠的粘膜进行检测。检查后患者平时多休息，不要劳累，同时也要保持合理的饮食，不要吃刺激和油腻的食物。
肠镜跟胃镜相比难受的状况还是要看个人的耐受程度，一般肠镜前期准备工作难受点，一开始就要喝泻药然后不停的拉肚子，直接拉水状为止。检查过程中管子由肛门进入检查。而胃镜的前期准备无痛苦，但是检查时管子由口里进入，主要是恶心的难受而不是痛。
胃镜和肠镜不是同一个仪器，胃镜一般直径较细些，大约0.8cm，肠镜直径粗些，一般1.0cm多些。胃镜和肠镜不但粗细不同，而且长度，消毒槽以及活检钳，检查室，包括检查目的和部位均不同。