CT和磁共振在不同的检查部位各有自己的优势。在中枢神经系统方面，核磁共振的诊断价值总体来说优于CT。在头颈部检查中，副鼻窦、乳突CT优于核磁共振，口咽、鼻咽、喉咽检查中，核磁共振优于CT。在胸部、纵膈检查中，CT明显优于磁共振。
在临床中，出现头部疼痛的症状，可以做CT检查，也可以做磁共振检查，这两种检查方式都有自己擅长的一面。如果怀疑头部里面有脑出血，最好做CT检查。如果怀疑头部里面有梗塞，或者是脑白质方面的问题，需要做磁共振检查。当然，如果身体里面有金属、安装有心脏起搏器之类的东西，不能够做磁共振检查，只能选择做CT检查。在临床中，磁共振检查的费用比CT要高得多。所以，出现头部疼痛，选择哪种检查方式，还是需要根据病情决定，并不一定价格更高，检查效果就更好，具体问题需要具体分析。根据检查结果再选择治疗方案，要及时处理，以免延误病情。
血管性头痛应该做核磁共振检查，核磁共振检查对于颅内肿瘤，小脑，脑干及小的病灶明显优于CT，核磁血管成像可以明确颅内较大血管状况比如动脉瘤，动静脉畸形，对脑出血无明显优势。核磁可以发现CT不能发现病变，无辐射，无创伤，价钱高于CT。头痛患者一部分有颅内肿瘤引起。脑动脉瘤，一部分病人也可以出现头痛。
一般情况下，小孩做脑CT和核磁共振有一定伤害，但是伤害较小。
小孩做脑CT，通常有一定的辐射损小孩的全身影响是比较小的，因为一次脑CT受到的辐射量通常是有限的，只要不是多次进行，一般不会造成较大的伤害。而核磁共振对于孩子的伤害则相对更小，因为核磁共振的成像一般和射线没有较为明显的关系，因次，也不会对小孩造成较为明显的辐射性损伤。
腰疼拍CT还是核磁共振，需要根据具体情况来定：
第一种是腰椎间盘突出、腰椎管狭窄、腰椎压缩性骨折等疾病，可以采用CT扫描来明确诊断。第二，腰椎核磁检查的主要适用于高位腰椎间盘突出，以及多节段的腰椎间盘突出，一般CT不能完全反映腰椎的突出情况。所以当腰椎突出范围很大的时候，最好做核磁共振检查。另外，腰椎血管瘤、原发性腰椎、继发恶性等疾病，需要进行MRI检查，以明确病变存在部位、骨质破坏的情况。
核磁共振和ct，ct辐射大。磁共振是人体细胞内的氢原子核在强大的磁场空间内，产生共振运动，经过一系列重建技术转换成磁共振图像用于临床诊断，所以磁共振是没有电离辐射的。而CT却是利用X线成像原理形成图像的，所以CT是有X线电离辐射的。
