甲状腺囊肿的危害主要与囊肿的大小有关，小的囊肿并不会造成危害，但是囊肿比较大的时候可能会引起颈部不适，甚至压迫气管和食道，出现吞咽困难、呼吸困难等症状，所以甲状腺囊肿的主要危害在于压迫症状，同时也有可能继发感染破裂或癌变。所以甲状腺囊肿的危害比较大，小囊肿定期检查不会有太大的问题，如果囊肿比较大，可以做甲状腺手术、硬化或者射频消融等治疗。
一般来说，甲状腺囊肿能治好。
甲状腺囊肿是指在甲状腺中发现含有液体的囊状物。一般情况下，甲状腺囊肿属于良性病变，通常能治好。如果囊肿肿大不影响到颈部外观，或者压迫其他的器官和喉返神经，观察即可；如果特别大，影响美观，或造成身体不适，可以进行囊肿摘除术。
患者在日常生活中应当加强身体锻炼，注意保暖，饮食清淡，不吃刺激性食物多，吃富含钙质的食物，不要吃刺激和油腻的食物。
甲状腺囊肿切除后需要做病理检查的。因为甲状腺囊肿有部分存在恶变的可能性，所以要排除甲状腺癌的可能性。如果是甲状腺癌，需要进一步手术及化疗等治疗。病理检查是为了验证诊断，如果是囊肿可以不用继续治疗，如果不是囊肿而是腺瘤或者恶性肿瘤就需要手术后继续治疗。
甲状腺囊肿不是必须手术。
甲状腺囊肿并不一定非做手术不可，疾病的处理方案以结节有无多发及结节的大小为标准，结节边界完整与否，是否钙化等来判断。在临床上有一些特殊类型的甲状腺囊性结节应考虑到外科手术切除。甲状腺囊性结节，绝大部分为甲状腺之结节或腺瘤退变所致，囊肿中还含有血液及微混液体，与四周界限明显，纹理坚硬，通常无触痛，核素扫描为冷结节，少数病人为先天甲状腺舌骨囊肿。甲状腺囊性结节治疗需依据结节有无多发及结节尺寸，结节边界完整与否，是否钙化等来判断。
一般来讲，甲状腺囊肿是否选择手术，要看囊肿的性质和囊肿的大小来决定。
如果经过初步检查，确定囊肿是良性的，没有影响到人体的身体健康。可以选择不用手术。如果囊肿直径小于1厘米可以也暂时观察，但需要每3个月到半年做一次彩超，观察变化。
如果囊性逐步增大，就需要手术切除。如果囊性有恶性的可能，患者需要注意的是，则无论囊肿大小，都需要手术治疗。
一般情况下，甲状腺囊肿为甲状腺结节内良性病变，若甲状腺囊肿未对周围血管、气管造成压迫，且没有对颈部外观造成影响，则可不予手术，但需要定期复查以观察。
对于已经形成了较大肿块的患者来说，应该选择保守治疗方案，如果甲状腺囊肿影响颈部外观，或出现压迫周围脏器等症状，通常可考虑手术治疗，如在彩超指引下经皮甲状腺囊肿内穿刺、拔出甲状腺囊肿内液体等。