基底节区腔隙性脑梗塞的治疗：针对病因进行预防，比如需要治疗高血压，如果高血压水平控制欠佳，再次复发的可能性就比较高。因此，需要规律服用降压药，并定期监测血压水平。需要使用抗血小板聚集药物；在生活中需要保持良好的生活习惯，比如减轻体重、低盐低脂饮食、戒烟酒、避免情绪激动等。
只要不出血，用活血化瘀的药物，双侧基底节区腔隙性脑梗塞多见于脱髓鞘脑病，早发病都不严重，发病早期症状很轻且不明显，偶有头晕，头痛，视力异常或脑部不适以及轻度的局域性麻木，易复发和迟发神经再度损害，严重时可侵犯整个中枢导致神经功能损害发生痴呆症、痉挛性瘫痪而危机生命。
双侧基底节区腔隙性脑梗塞查找危险的因素，比如有没有高血压、糖尿病以及高脂血症，如果有这些基础病，应该积极的进行治疗，把血压、血糖以及血脂控制好。去除危险性的个人不良嗜好，忌烟酒。
双侧基底节区腔隙性脑梗塞多见于脱髓鞘脑病，早发病都不严重，发病早期症状很轻且不明显，偶有头晕，头痛，视力异常或脑部不适以及轻度的局域性麻木，易复发和迟发神经再度损害，严重时可侵犯整个中枢导致神经功能损害发生痴呆症、痉挛性瘫痪而危机生命，大部分患者是基因免疫异常受特异病毒感染所致。
右侧基底节区腔隙性脑梗塞，就是颅内的一种缺血性质的改变、脑组织的改变，但是右侧基底节区腔隙性脑梗塞情形下，缺血的范围很小，就像一种繁星点点样的改变，在颅内可以看到多发点状的梗塞灶，因此叫腔隙性脑梗塞，通俗说是一种缺血性的前期表现。
左侧基底节区发生腔隙性脑梗可以静脉滴注改善心脑代谢及循环的药物，会伴有高血压、高脂血症，甚至有糖尿病等危险因素导致动脉粥样硬化不断的加重，往往动脉内存在斑块。随着病情的进展，小的斑块脱落进入穿支动脉，基底节区域造成小范围大梗死。