左侧卵巢囊肿是否会影响生育，需要根据囊肿是否会影响卵巢排卵决定。
如果是单纯性卵巢囊肿不超过5cm，那么在来例假后就会自行消退，不会对排卵造成任何的影响。卵巢巧克力囊肿、囊肿比较大，没有正常的卵巢组织，会影响到卵巢的排卵，从而影响到生育。另外，卵巢巧克力囊肿属于子宫内膜异位症，会引起输卵管粘连、盆腔粘连，从而影响输卵管输送精子和卵子，从而引起不孕或宫外孕。
卵巢子宫内膜异位囊肿又名巧克力囊肿，也是较为常见的卵巢囊肿，是由于子宫内膜异位症波及卵巢在卵巢内形成含有巧克力样粘稠液体的囊肿，明显的症状就是痛经，而且进行性加重的，不孕以及月经失调。可以去医院做手术治疗。
超过5厘米有扭转而导致肌肤症的风险，需要尽早的做手术治疗手术以后做病理检查。对于小于8厘米的巧克力囊肿可以进行药物治疗，使其缩小至完全消失。而对于较大的则以手术治疗为先，可以先使用药物治疗下。
卵巢巧克力囊肿的症状并不是十分的明显。不孕及月经失调，在不孕的女性中，子宫内膜异位造成的不孕占有很高的比例。慢慢的会形成巧克力囊肿，甚至细胞变性的可能性。目前需要手术治疗。
卵巢巧克力囊肿治疗后不会影响生育。手术方式有开腹手术和经腹腔镜手术两种。腹腔镜手术是最符合本病处理方法。平时注意休息，以清淡易消化饮食为主，避免辛辣刺激性食物。
巧克力囊肿是可以进行治疗的。巧克力囊肿可以配合中药来进行内分泌的调理，达到活血化瘀的效果。平时要注意保持清淡饮食为主，忌食辛辣刺激性食物和过于油腻的食物，注意戒烟戒酒。也可以使用手术进行治疗。
