胆囊结石且胆囊萎缩应该手术治疗，因为胆囊结石的癌变率大概10%，当胆囊出现萎缩的时候，说明胆囊的功能就不健全了。这时候胆囊既然没有功能，里面又有大量的结石，这样引起癌变几率比较大。
一般情况下，胆囊结石3-5mm通常需要治疗。具体分析如下：
如果胆囊结石是单发的，而且小于3cm的胆管结石，一般不会有太大的临床表现，通常暂时不用治疗，平时应该注意适当地饮水即可。如果胆囊结石是多发的，而且已经有3-5mm，可能会嵌顿在胆囊颈部，会导致急性胆囊炎、胆囊穿孔、坏疽等并发症，这种情况下患者需要及时就医治疗，以免病情加重，严重损伤身体健康。
采取非手术措施控制急性炎症期。症状缓解后，可选择手术。内窥镜手术创伤小，疼痛小，适用于下胆总管结石数量少，直径小。如果持续半小时，腹部用胀痛感，可以考虑为胆囊结石引起的，可以进行彩超检查，有疼痛感，可以口服利胆消炎的药物调理的，也可以采取中药调理。在治疗期间，不可以吃刺激性、油腻的食物的慑入。
中药能治疗胆囊结石，中药对于胆结石也有一些独到的见解，可以看些病人的症状，还有号脉进行辨别诊断，然后开具一些重要的药方，目前常用的一些中医处方，特别是一些利胆、排石、止痛的药方。
通常情况下，肝囊肿胆囊结石治疗方法是手术治疗。具体情况分析如下：
肝囊肿胆囊结石的囊肿直径超过8cm，病情出现压迫症状、继发出血、感染等情况时，患者必须进行及时到医院，通常囊肿开窗引流或囊肿切除手术进行治疗，如果存在多囊肝合并肝衰竭的情况，往往还需进行肝移植。如果是胆囊结石，建议到医院做腹腔镜下的胆囊切除手术治疗。
胆囊结石可能是以下原因引起的。
胆囊结石是由多种原因造成的，不管是什么原因造成的，都会导致胆汁的酸性、胆固醇的代谢紊乱，从而导致胆汁在胆囊内沉积，从而导致胆囊内的结石。肥胖、长期暴饮暴食、高脂肪、高蛋白饮食、高脂血症、糖尿病、胃肠道手术、肝硬化等都属于高风险的危险因子。另外，一些年轻人因为不喜欢吃早饭，导致胆囊中的胆汁滞留太久，导致了胆囊结石的发生。