肠结核一般起病较缓，且早期症状不明显。肠结核的临床表现分为两大类。一是全身症状有潮热，盗汗，发热，乏力，营养不良，消瘦等。还有消化道症状腹痛，腹泻，便秘，大便带血等。
肠结核会吐，肠结核主要见于回盲部结核较为常见，主要的症状为腹胀，腹痛，以及肠梗阻，是可以导致呕吐的症状，其次有结核中毒症状，如低热，盗汗，消瘦及乏力等不适，可以手术切除来治疗。
肠结核是结核病的一个种类，所以有结核的前期性的症状，主要表现为长期的慢性发热，伴有盗汗，经常感到疲倦、消瘦、贫血、营养不良，同时因为肠结核经常是继发于肠外结核，所以也有肠外结核的表现，如肺结核的咳嗽、咳血等。
肠结核的检查主要有专科医生的病史询问、体格检查，以及一些实验室和器械辅助检查，比如血常规、红细胞沉降率、胸部的X平片这些一般检查。还有就是需要相应的比较特殊的，比如X线的钡餐或者钡剂灌肠检查、显微结肠镜检查，必要的时候可以在镜下进行活体组织的病理检查。
腹痛，因病变常累及回盲部，故疼痛最常见于右下腹，触诊时可发现局限性压痛点，增生性肠结核并发肠梗阻时，腹痛主要为绞痛，并伴有肠梗阻的相应症状。腹泻与便秘，腹泻是溃疡型肠结核的主要症状之一。