巧克力囊肿术后一个月来两次月经是没问题的。巧克力囊肿是一种雌性激素的依赖性疾病，属于子宫内膜异位症的，治疗后容易复发，比较顽固。但是巧克力囊肿是不会发生恶性变的。巧克力囊肿发生癌变的机率只有1%的可能性，不要过于的担心。
巧克力囊肿手术后还会痛经，在手术之后还会有痛经的症状，这主要是因为本身的痛经并不是因为卵巢肿大所导致的，或者说痛经除了巧克力囊肿之外还有别的诱发因素，所以会导致做完了巧克力囊肿手术之后依然会痛经。
巧克力囊肿在腹腔镜手术中出现了创痛的症状，需要在医生的指导下进行治疗。
1、腹腔镜下的腹壁穿孔疼痛，一般是因为穿刺孔伤和病人的血管引起的皮下血肿，或者是在穿过肌肉的过程中，会对肌肉造成轻微的伤害。
2、巧克力囊肿术后会出现轻微的疼痛，但随着时间的推移，这种疼痛会慢慢消失。
3、术后出现持续的腹部疼痛，要考虑是不是手术效果不理想导致的，要考虑是不是手术后出血，还是巧克力囊肿的特殊性，以及手术中有没有损伤到其他器官，例如输尿管、肠道等。
所以，手术后术区的疼痛，一定要仔细的分析，找出原因，然后再进行治疗。
巧克力囊肿异位到肠内，如果不是特别严重，赶紧备孕，进行严重手术，然后立即怀孕，也可以沿着任脉上下按摩，从神阙开始，连续按摩气海、关元、天枢、四满、归经、子宫、气冲穴位，每一穴位按摩一分钟，从月经前7天到月经后3天停止。能有效缓解这种疾病的疼痛。
做完巧克力囊肿手术后又复发，可以考虑用绝经的假绝经的疗法，让她不来月经，囊肿就能好一些。或者巧克力囊肿复发了，手术以后，一定打一些针，术后好好用一些药，让不来月经，假绝经疗法，去治疗巧克力囊肿。