宝宝三个月了老是吐奶可能是宝宝贲门发育不成熟、胃肠功能紊乱、肠道先天发育畸形等原因导致的，具体分析如下：
三个月的宝宝偶尔会吐奶，一般不会有太大的问题，主要是因为孩子的贲门发育不够成熟。喂奶后会有恶心、呕吐的症状，要尽量减少喂奶的数量，每次喂奶之后要打饱嗝。每次喂奶后都会出现恶心、呕吐等症状，要考虑是不是病态的原因，首先要考虑是胃肠功能紊乱，可以使用肠道微生态制剂来改善肠道微生态环境，也不能排除肠道的先天发育异常。
三个月的宝宝睡觉总是摇头蹬腿，最多见的就是缺钙，因为六个月以下的宝宝成长的比较快，尤其是前三个月成长得尤为快，这个时候就容易出现维生素D缺乏性佝偻病，表现为睡觉不安、容易哭闹、摇头、枕秃、出汗，睡不安稳的时候可能就会哭闹，就会四肢活动、挥舞四肢。
卤门闭合一般是在宝宝1.5岁左右，卤门在1岁前闭合容易造成幼儿小脑，或大脑发育不全，那样是不好的现象。有的小儿在1岁时前囟门就已经闭合，有的小儿前囟门要到1岁半才闭合，这都是正常的。前囟门闭合的早晚，反映着颅脑的发育情况，也反映骨骼系统的发育情况。小儿前囟门闭合的正常时间一般为1岁～1岁半，如果闭合过早或过迟，都要引起重视。
快三个月的宝宝最近老是来回摇头可能是轻度缺钙的表现，也是佝偻病早期表现，佝偻病早期出现烦躁，睡眠不好，易惊醒，汗多，枕后脱发，颅骨软化等表现，目前孩子3个月，发育快，如果没有补充维生素D和钙剂，容易引起佝偻病。
三个月宝宝肚子老是咕噜咕噜响，可能是正常现象，也可能是因为饥饿、消化不良、腹泻或者是因为机械性肠梗塞导致的。每个人的肠蠕动时，肠管内气体和液体随之流动，都会产生一种断断续续的咕噜声，这被称之为肠鸣音。
1.正常现象：肠鸣音一般在宝宝饥饿或消化不良、腹泻的情况下表现得更明显。正常情况下，肠鸣音大约每分钟4~5次，餐后出现得会频繁而明显，宝宝腹壁很薄，因此很容易听到肠鸣音。这属于正常现象。
2.饥饿、消化不良、腹泻：宝宝肚子老是咕噜咕噜响也有可能是因饥饿、消化不良或者腹泻导致的。建议让宝宝吃营养易消化的食物，可以少食多餐。
2.机械性肠梗阻：如果宝宝肠腔扩大积气增多，肠壁胀大变薄且极度紧张，会与亢进的肠鸣音产生共鸣，因此能听到高亢的金属性音调。需及时到儿童外科进行检查和治疗。
宝宝的应该是受凉或者消化不良引起的，所以给宝宝带个肚兜保暖好肚子，肚子不要着凉，同时宝妈注意不要吃辛辣刺激性的食物生冷的食物。大人吃清淡饮食，孩子吃奶易于消化。