按病变程度分类：单纯性肛瘘，只有一条瘘管，内外口直通的肛瘘；复杂性肛瘘，瘘管和外口在两条或两个以上，但内口可以是一个或多个的肛瘘。按病变的深浅分类：低位肛瘘，瘘管管道位于外括约肌深层以下的肛瘘；高位肛瘘，瘘管管道位于外括约肌深层或耻骨直肠肌以上，内口在齿线或齿线以上的肛瘘。
微创无痛的肛瘘治疗方法是通过直肠纤维镜进入到肛门里面，通过监视器，直接对内口进行微创电凝，使肛瘘的内口干结闭合，然后洗干净瘘管里面的脓液，这样以后大便后，粪便里面的细菌和粪水进不到四面的组织里面去，就不会形成感染，疼痛。肛瘘一般可以采取挂线或者是手术治疗，需要采取积极的预防，不要有思想负担，多保重粗纤维食物保持大便通畅。积极的预防，提高身体素质。
对肛瘘疾病进行微创手术操作，费用会相对比较高一些，大概是6千元-8千元不等。这是因为肛瘘微创手术操作，对患者肛门部位的创伤性比较小，伤口容易愈合，愈合时间也较短，但是手术操作难度相对大一些，所以费用会增高。
肛瘘有微创手术。低位的单纯肛瘘可以选择HCPT微创手术治疗。HCPT操作具有高频电容场的治疗功能、高频电刀的止血功能。利用直肠纤维镜进入到肛门里面，通过监视器直接对肛瘘内口进行微创电凝来治疗。
肛瘘多久能痊愈；手术后按时换药，平时注意卫生，勤清洗，便后清洗，一般需要2-4周可以痊愈。建立正常的膳食习惯，因肛瘘的发生与湿热有关，对于油腻饮食，可以内生湿热，所以不宜多吃。养成良好的排便习惯，每日排便后坐浴保持肛门清洁，对预防感染有积极作用。避免一直保持同样姿势，坐着工作的人每隔一小时要能走动三、四分钟。
