病因：脱落的子宫内膜仍保存有一定的能力，无论是月经期或手术期脱落的内膜碎片都有可能在别处生长。2.子宫肌层的内膜异位症，可能由宫颈直接蔓延而来。3.由盆腔腹膜或卵巢生发上皮和子宫内膜都是由体腔上皮分化而来。在炎症或其它刺激下，腹膜或卵巢生发上皮可能发生为子宫内膜。4.静脉或淋巴管迁移：内膜可能经静脉或淋巴管移到子宫以外远处部位而发生肺、膀胱、肠道等部位的子宫内膜异位症。
子宫内膜异位囊肿可能会影响怀孕的，医院做一个全面的检查，然后针对性的治疗，子宫内膜异位症，是造成不容易怀孕的原因之一，所以应该积极治疗，治疗子宫内膜异位，可以通过药物或者是手术的方法治疗来，建议，药物治疗是通过假孕或者是绝经的疗法治疗，假孕疗法是通过孕激素。
子宫内膜异位症是有生长功能的子宫内膜出现于正常子宫内壁以外的部位，子宫内膜异位症的主要方法就是手术治疗，因为这样的方法可以在直视下可以基本上明确病灶范围和性质，对解除疼痛，促进生育功能效果较好，术后要注意护理，要注意个人的饮食习惯和生活习惯，这样才能让身体尽快的恢复，同时术后，不要急着怀孕等身体完全恢复后再进行怀孕。
子宫内膜异位症手术后，手术后体质虚弱，身体抵抗力下降，术后注意休息，加强营养，多吃富含蛋白质和维生素丰富的食物，有利于身体的恢复和伤口的愈合，少吃生冷，寒凉辛辣，有刺激性的食物。术后一周就可以适当的活动了。术后身体完全恢复正常，大约需要一个月左右。
一般情况下，卵巢囊肿通常不是子宫内膜异位。具体分析如下：
卵巢囊肿包括生理性囊肿，还有卵巢巧克力囊肿、畸胎瘤、黄素囊肿等病理性的囊肿。只有卵巢巧克力囊肿是由子宫内膜异位所造成的，它会伴随着女性来月经的次数而逐渐增大。因此卵巢囊肿通常不是子宫内膜异位。患者出现不适症状，应该及时就医检查，根据检查结果对症治疗。
主要症状：下腹不适感，腹围增粗腹内肿物，腹痛，月经紊乱，压迫症状。若在妊娠3个月内发现患有卵巢囊肿，进行处理时容易引起流产，如果妊娠期间发现患有双侧卵巢囊肿，在手术处理中若触动子宫。