胎停育的原因很多，包括母亲的因素，外界环境因素，夫妻双方基因问题，胚胎自身发育因素，一旦确诊胎停育，需要尽快处理，以防出现凝血功能障碍。应该查找一下胎停育的原因，作为下次怀孕的指导，以防发生再次胎停育。
子宫内膜薄有时候是会引起胚胎停育的。胚胎停止发育的原因有很多种，孕早期胚胎停止发育的原因主要有胚胎染色体异常、黄体功能不全、甲状腺功能减退、免疫系统异常等。孕中期胚胎停止发育的原因主要有子宫解剖结构的异常、免疫系统异常以及血栓前状态等。
胚胎停育发生是由于胚胎染色体异常。当存在胚胎停育的主要危险因素，包括胎儿父母的年龄较大、孕妇子宫畸形、盆腔感染与免疫病；弱危险因素包括既往自然流产史、不孕及辅助生殖、孕期药物使用、孕期咖啡因，吸烟，酒精暴露、肥胖、甲状腺功能不全等可能发生胚胎停育。
胚胎停育的原因很多，包括染色体异常、免疫因素、内分泌因素、解剖因素，感染因素、环境因素等。多数是本身胚胎质量不好，染色体有问题，大自然优胜劣汰的结果；其他母体身体因素如内分泌不好、子宫畸形、子宫较大肌瘤等，此外环境因素、孕前或者孕期接触大量放射性和化学物质，感染细菌、病毒、原虫等也可以导致胚胎停育。
造成胎停育的原因很多，90%以上和胚胎自身异常有关系，比如染色体异常会导致胚胎不发育而致早期流产。当夫妻一方出现染色体平衡易位容易导致胚胎出现染色体异常从而造成胚胎停育。另外，当母亲的内分泌失调时就容易出现胎停育。
指导意见：如果在怀孕的时候有衣原体感染是有出现胎停的可能性的，但是也不是绝对的因素，受精卵发育不良，激素不足，病毒感染都有可能诱发胎停的