自从医改进一步强化了药品零差率的措施以来，各个试点地区的医院药房都从原先的利润中心变为成本中心，医院为了降低药房对其的成本压力，普遍采用药房托管的方式来将药房从成本中心变为利润中心。
药房托管是指托管方与医疗机构通过契约形式，接管医院药品采购、配送及日常管理。与原有医院药品销售模式相比，区别仅是医院药品采购由分散变为集中委托一 家。医院通过药房托管，将药房的成本转嫁给托管方并要求托管方每年上缴一定的收入，医院通过这种方式成功的将药品零差率对其造成的损失给弥补回来了。
药房托管后，由于托管方必须将业绩做大才能生存下去，但处方权却仍然在医生手上，这使得其不仅不可能去对医生的合理用药进行监管，反而要去讨好医生以增加药 品的销售。因此，由于药房仍在医院内，灰色利益链条还在，以药养医的问题还是无法解决，而且托管方为了利润会更多的选择高价药。
但是，药房托管从表面上来看却有利于处方外流，而这正是目前零售药店和医药电商翘首以盼的。由于托管方一般都是医药流通企业，具备良好的医院零售网络，在互联网大潮的带动下，也都开始布局医药电商。这有利于其将医院药房中的部分处方外流到自身的其他平台来，以真正推动医药零售的发展。
托管方将处方外流有如下几个有利点：首先，系统可以实现无缝对接，由于托管方与医院的电子系统已经打通，只需将这一系统延伸出来即可实现处方外流。其次，由 于外流处方最终都将进入其零售网络或网上平台，短期对托管药房造成的亏损可以由集团实现补贴。最后，处方外流有利于托管方低价获取长期用户，比烧钱买用户 有效且长久。
但是，托管方要真正让处方外流必须解决三个问题：第一，医院的经济动力。目前不少托管方需要每年向医院缴纳一定比例的收入，而 医院是将其视为其利润中心的。即使托管方能够忍受被托管药房的亏损，医院却不愿意这样，而是希望药房的营收能年年增长。如果医院发现药房不能为其收入作出 贡献肯定会改换托管方，这样托管方就无法实施其处方外流的计划。
第二，医生的经济动力。如果要将处方外流，必须解决医生的灰色收入问题，否 则一旦医生和托管药房不再合作，托管方都无法立足。托管方如果将处方外流是限制在自有的流通系统内确实较为容易解决，但这就变相造成了市场垄断，无法形成 一个竞争性市场，处方外流的意义也完全失去了。
第三，病人的动力。病人在看完病后直接在医院拿药已经养成习惯，如果要他们在家等待快递或者 去零售药店取药，他们反而会觉得不便。当然，如果医院不再拥有门诊药房，病人也没有更多的选择。但如果药房还在医院，病人将处方外流的主要动力在价格上， 而一旦价格成为主要获客手段，托管方将吞噬自身的利益。
因此，药房托管对处方外流表面看似有利，其实面临的内在挑战非常大，难以在没有政策 的前提下获得发展。而且，药房托管从本质上来说是违背控费的政策指引，无法真正去帮助医院合理控制费用。只有将门诊药房完全从医院剥离才能斩断利益链条， 也才能推动处方的完全外流，而到那时，药房托管的模式也不再存在。
