分类改革于2014年上半年结束，人事、工资、养老保险等制度改革方案也出台完毕。据接近人社部的专家表示，接下来事业单位改革将要面对的重点和难点有三：
一是从事生产经营活动事业单位如何“转企改制”;
二是事业单位的编外人员如何安排；
三是对医院、高校等公益二类事业单位，即差额拨款事业单位，如何考核绩效和筹措养老保险缴费等。
涉及800万医务工作者
在目前在编的3100多万事业单位人员中，大约有800万是医院工作人员，高校职员的占比也较大，因此这些事项无一轻松。
尽管按照改革设定的期限，到2020年，中国要形成新的事业单位管理体制和运行机制。但目前各界仍对已经完成和正在实施的事业单位改革举措，评价却相当不一。
比如，分类改革前，全国有126万个事业单位，3100多万在职人员，改革后中央编办负责人对外公布，全国现有事业单位111万个，事业编制3153万 人。事业单位数量是减少了，但人员数量却并没有缩减。国家行政学院公共行政教研室主任竹立家称，“政府背负的包袱还是很大”.
此外，事业单位人员的工资、养老保险改革方案要求与公务员“联动推进”,相关政策性文件也已于今年1月出台，但实施之后，相关部门并没有公开机关事业单位人员的涨薪文件，只是公开了养老保险并轨方案。
这些遗留问题，会在接踵而至的下半场改革中得到解决吗？转企改制和划为公益类后，事业单位人员和待遇将会发生什么样的变化？
财政负重
新一轮事业单位改革是在2011年启动的，标志性的政策性文件是当年3月国务院颁布的《关于分类推进事业单位改革的指导意见》。其中规定，2015年要完 成事业单位分类改革，到2020年，则要建立起功能明确、治理完善、运行高效、监管有力的事业单位管理体制和运行机制。
分类改革的目的在于，保留多少人继续在事业单位，有多少人将被划归至企业。早在改革之初，竹立家就表示，预计只有不到10%的事业单位会被划转至企业，未来中央、地方财政的负担依然沉重。
2014年5月，中央编办对外公布的改革结果总体来看，事业单位数量是减少了，但事业编制人员数量并没有什么变化。对此，前述接近人社部专家解释说，本轮 事业单位改革中，被撤销、整合的绝大部分都是自收自支性质的事业单位，或者以前未按机构编制管理规定擅自违规设立的，因此分类改革基本不会影响到事业编制 人员的数量。
以山西为例，据该省编办副巡视员吕双牛介绍，在新一轮事业单位分类改革中，山西共撤销1237个职能萎缩或消亡的事业单位，整合了2950个职能趋同、分 散设置的事业单位，但却“没让一个人下岗，没让一个人的利益受损”.山西采取的做法是将被撤销事业单位的编制人员转移至差额拨款或全额拨款的事业单位。
在完成事业单位分类改革之后，从去年5月开始，人社部等方面又先后颁布并实施了相关事业单位人事管理、工资调整、养老保险并轨的一系列改革方案，包括《事 业单位人事管理条例》、《关于调整事业单位工作人员基本工资标准的实施方案》、《关于增加机关事业单位离退休人员退休费的实施方案》、《关于机关事业单位 工作人员养老保险制度改革的决定》等。
其中，对工资调整、养老保险缴费的两项改革都于2014年10月1日开始实施，这两项联动改革，目前为止在专家看来，政策效应已经较为明显。
据了解，工资改革方面，事业单位人员涨工资方案已经随2015年1月印发的公务员涨工资方案同步印发。与公务员涨薪规定基本一致，对事业单位人员也是在基本工资上做了调高；事业单位人员与公务员的加薪幅度，最高都超过一倍。
而在养老保险缴费方面，实施并轨改革后，要求事业单位人员所在单位缴纳20%的基本养老金和8%的职业年金，个人缴纳8%的基本养老金和4%的职业年金，这方面与公务员也是基本一致的。
但硬币的另一面是，实施机关事业单位工资、养老保险两项制度改革之后，中央和地方财政的负担明显加大。以养老保险为例，机关事业单位提前缴纳的20%基本养老金、8%职业年金，大部分来自财政，由于事业单位人员数量较大，相应的财政负担也就更大。
前述接近人社部专家研究发现，在新一轮事业单位改革之前，全国事业单位经费大约有60%是来自财政全额拨款、20%是来自财政差额拨款，综合起来，每年国 家对各项事业经费支出占到整个政府财政支出的30%以上。实施事业单位人员工资调整、养老保险并轨两项改革之后，从中央到地方财政，预计对事业单位的支出 还会节节攀升。
下半场
在新一轮事业单位改革中，官方设定的期限是2020年。但大多数社保专家认为，从目前的情况看，下一步需要解决的事业单位改革中的问题还有很多。
医院、高校等等差额拨款事业单位的养老保险缴费如何筹资、绩效如何考核，也是新一轮事业单位改革暴露出的矛盾。上述接近人社部专家表示，目前为止，相关部门还没有制定出较为合适的政策措施。
养老保险缴费的筹资无疑会带来资金压力。由于一些公立医院、高校等为职员缴纳的基本养老金和职业年金并不是来自财政，而是由单位“自筹”,加之近年来，政 府切断了公立医院“以药补医”,对医疗卫生投资比例也大幅降低，因此实施养老保险并轨后，会给这部分公立医院、高校的带来较大的资金压力。
而在差额拨款事业单位绩效考核方面，2006年和2009年，人社部已经先后两次出台过相关事业单位的绩效考核制度，但从实施的效果来看，合理的考核标准并没有完全划定。
