2015年12月29日，深圳市报告了1例H5N6流感病例。1月3日，笔者从深圳市疾控中心获悉，经全基因组序列分析结果显示，目前深圳活禽市场外环境 存在H5N6流感病毒，本次报告病例的病毒与活禽市场外环境的病毒高度同源，从生物信息学角度证实本次病例是因接触活禽或市场外环境感染的。
此次报告的H5N6流感病例为深圳首例，全球第五例H5N6流感病例。病例出现后，深圳市疾控中心与华大基因合作，立即对患者咽拭子样本和活禽市场外环境样本分离出的H5N6流感病毒进行基因测序。经过昼夜奋战，1月3日上午10时，完成了全基因组序列分析。
基因测序结果显示，患者样本中H5N6病毒HA、NA基因与2014年广东省从鸭只中分离的H5N6病毒高度同源，同源性>98%;与深圳2014 年活禽市场外环境分离出的H5N6病毒高度同源，同源性>98%;与深圳2015年12月份来自外环境标本分离出的3株H5N6病毒高度同源。
同时，患者样本中H5N6病毒HA、NA基因与2014年四川和广东报告的2例H5N6流感病例的病毒高度同源，同源性>98%.患者样本中 H5N6病毒的内部6个基因与本地外环境中H9N2病毒高度同源，H9N2病毒为该病毒的内部骨架供体。患者样本中H5N6病毒HA和NA基因分别来源于 外环境中的H5N1病毒和H6N6病毒。
经过测序分析认为，目前深圳活禽市场外环境存在H5N6流感病毒，本次报告病例的病毒与活禽市场外环境的病毒高度同源，从生物信息学角度证实本次病例是因 接触活禽或市场外环境感染的。因此，减少人与活禽密切接触的机会，可有效预防人感染H5N6流感。其中一个重要的措施是切实推行活禽集中屠宰、冷链配送、 生鲜上市。该措施在国际上被普遍认可，发达国家在上世纪二三十年代就开始推广禽类生鲜上市，目前，欧美、日本等发达国家和我国港澳地区已实行生鲜禽类代替 活禽上市。对于市民，需要做到尽量不直接接触和处理活禽，不食用病死禽，不购买来源不明的禽鸟类产品。
此外，深圳市疾控中心也发现感染人的基因来源比较复杂，至少经历H5N1流感病毒与H6N6流感病毒的重配，然后重配的H5N6流感病毒再与H9N2流感病毒重配，产生目前感染人的H5N6流感病毒。具体的病毒重配过程，还在深入研究中。
