一项新的医疗技术在被大规模应用于临床治疗之前，至少需要经过临床前研究和临床试验两个阶段，只有足够充分的证据证明新疗法优于既有的疗法，且在安全性、有效性、质量可控性以及医学伦理上均通过专业评估后新疗法才可以应用于临床。
到目前为止，我国只允许造血干细胞用于血液病治疗，尚无其他干细胞技术获准临床应用，同时，国家药品审评中心所受理的干细胞新药注册申请均在不同阶 段夭折。尽管一些专家声称“政策不到位”影响了产业快速发展，上述状况从一个侧面也反映出我国干细胞治疗技术尚不成熟，缺乏已经证实对疾病治疗具有可推广 或进行产业化价值的成果。
干细胞被称为医药史上最为复杂的治疗性产品，研发者与监管者均缺乏经验。干细胞与化学药、抗生素、蛋白质药物等化学成分明确的分子药物研发理念与规律有很大不同，譬如干细胞制品的动态性、异质性问题就从根本上挑战了药物的均一性、稳定性基本质量要求。
干细胞从获得到移植面临一系列技术障碍
首先，不但干细胞供者遗传背景千差万别，各种组织来源及不同代次的细胞区别显着，而且不同的技术路径、试剂仪器、操作手法等也会对细胞生理状态存在显着影响，甚至导致一些重要研究结论难以重现。
第 二，干细胞制品制备到移植要经漫长的体外过程，从组织采集、分离、筛选、建库，到细胞扩增、诱导与分化、制剂与冻存、质量检验，再到冷链传输、复苏、临床 配制与输注，过程一般要持续数月，细胞形态、增殖潜能、分化潜能、免疫原性等生物学特性，以及端粒酶、核型、基因型及表观遗传印迹会发生显着改变从而带来 免疫毒性和致瘤性等风险，同时引入一些活性因子、消化酶、动物血清、抗生素等多种难以去除的外来成分，还可能污染细菌、支原体、病毒等外源致病因子，增加 质量控制难度和安全性风险；
第三，临床上一般采用活细胞计数方法决定输注干细胞数量，但活细胞数并不能反映干细胞的生理作用，细胞表面标志 物虽可以用来鉴别干细胞的种类和评价干细胞的纯度，但仍不能直接反映细胞在体内生长、迁移、分泌、分化、抗炎、抗凋亡等潜能，目前尚无公认的与临床适应症 治疗具有量效关系的生物学效力评价体系；
第四，干细胞可增殖、可转化、可迁移、可排斥，并涉及种属特异性、组织配型等问题，不符合一般药物 代谢规律，使得干细胞在动物模型上进行的分布、代谢，有效性、急性毒性、特殊毒性、长期毒性等实验结果难以推导到人类，并且干细胞在体内归巢、定植、分化 与转归等行为很难观察，一些示踪手段会干扰干细胞生物学性质或不能真实反映在体内的行为，给临床前安全性、有效性评价带来困难。
人类干细胞移植历史不长，仍面临诸多科学问题悬而未决
首先，作用机理不明确，干细胞直接定植分化参与组织修复还是通过分泌细胞因子改变微环境发挥机体调节作用？激活了宿主内源性干细胞进行组织修复还是与宿主细胞相互作用改变机体细胞状态？自体干细胞与异体干细胞植入的区别？
第二，移植后体内命运不清，进入体内后组织归巢、病理性归巢或清除的规律如何？如果干细胞在体内发生非目的性“归巢”或“分化”，产生非预期的生物学效应，引起持续不良后果如何终止？
第三，有效性不确定，干细胞移植疗效与病人的病种、病程、生理状态、组织配型，年龄、种族、性别，以及移植细胞数量或输注途径等之间存在怎样的关系？
第四，长期植入后果不确定，干细胞长期植入后分化成熟是否会引起免疫毒性？是否存在致瘤、促瘤，甚至传播肿瘤的风险？是否会引发内分泌系统、免疫系统、生殖系统及神经系统等紊乱？
干细胞临床转化需要从业者有足够的耐心和谨慎
干 细胞临床应用是一个“黑箱”过程，干细胞植入体内后人们不知道它们去了哪里或做了些什么，只能静静观察身体出现的相关反应，以及不相关的“安慰剂效应” 等。干细胞的黑箱过程触及生命本质问题，挑战了传统的医疗技术和药物开发一些基本思想体系。需要开发者从伦理学、安全性、有效性、质量可控性和技术经济可 行性几个方面入手，在将干细胞植入受者体内前对其进行筛选、观察、操作、模拟，并制定预案加以控制。
干细胞尚存争议的作用机制和十分有限的临床经验，缺乏临床前安全性、有效性依据和质量标准的细胞临床使用，有可能对人体造成伤害甚至危及患者生命。因此，干细胞创新必须取得足够的技术积累和关键技术瓶颈的突破，要求从业人员保持足够的耐心和谨慎。
