不确定领域

结核治疗的许多领域有争论性观点，大多是由于缺乏强有力证据。这部分中，一些领域缺乏普遍共识。

药物敏感性结核的治疗

所有指南建议使用相同方案治疗药物敏感肺结核，但一些可能疗程不同。例如，印度指南推荐乙胺丁醇持续治疗满6个月疗程。虽然整体治疗6个月是标准疗程，但WHO不建议延长治疗，很多指南建议的延长治疗是在不同情况下。例如，美国指南建议，在治疗第2个月时  胸片有空洞，并且痰培养阳性的患者应接受额外的3个月的巩固治疗；德国指南建议，涂片中仍有持续性细菌或广泛性疾病时，应延长治疗；加拿大指南建议，若细菌培养仍然阳性或空腔持续存在，应延长治疗。

大多指南还支持间歇剂性剂量，药物敏感结核的巩固治疗期，每周两次或三次，有的指南推荐一些患者在巩固阶段，每周一次给予异烟肼利福喷丁。不过，美国指南建议HIV患者巩固阶段每日一次剂量，因为每周两次剂量可能导致出现利福平耐药。

耐药结核的治疗

耐药结核的建议仅异烟肼变化，但也类似。所有指南推荐方案包括利福霉素、乙胺丁醇、和吡嗪酰胺，有或无一种氟喹诺酮类，疗程为6至12个月。无异烟肼耐药时，利福平耐药少见，但9个月的异烟肼，吡嗪酰胺和链霉素治疗方案已被证明是有效的；但是，患者使用注射药物完成9个月的治疗是困难的。基于临床经验，包括异烟肼、吡嗪酰胺和乙胺丁醇，有或无一种氟喹诺酮类方案的18个月治疗方案也推荐。

WHO和一些国家甚至推荐MDR结核治疗方案用于耐单药结核（如耐利福平结核），因为基于GeneXpert检测，很多分离自患者的结核杆菌都是对利福平耐药和但对伴随药物是否敏感未知。如果分离细菌对异烟肼和吡嗪酰胺敏感，可使用短疗程和毒性更低的方案。WHO和美国建议，在敏感性敏感性试验不可用时，可使用经验治疗方案。

结核性脑膜炎的治疗

大多数指南建议结核性脑膜炎患者的治疗时间应延长至9-12个月，并加入糖皮质激素。目前关于如何确保足够的药物输送到特定感染部位，到底是通过增加利福平的剂量还是将更好的渗透到脑脊液的药物纳入到治疗方案中还未达成一致。

治疗监测

所有指南建议考虑直接观察治疗，但在这一策略中允许灵活应用。这是一致性的，由于缺乏直接观察治疗使用的临床试验数据支持和缺乏标准化的实施方法。建议的随访计划以评估治疗反应，并监测各种药物毒性，但大多数指南建议在治疗结束或邻近治疗结束时， 至少随访2个月，以评估临床和微生物学反应。