所有PE患者需进行快速风险分层。ACCP指南推荐存在低血压（收缩压＜ 90 mm HG）相关的急性PE，而无高出血风险的患者应进行溶栓治疗。由于此类人群可能发生不可逆转的心源性休克，因此溶栓治疗刻不容缓。
存在与低血压无相关性的急性PE，初始抗凝治疗后有发生低血压高风险的低出血风险患者，溶栓治疗应在这类患者中进行选择性治疗。
评估PE严重程度、预后和出血风险决定是否应开始溶栓治疗。对大多数存在与低血压无相关性的急性PE患者，不推荐进行溶栓治疗。
虽然大多数研究指出，在溶栓治疗的24 h内，影像学和血流动力学异常可缓解，但治疗7天后，此优势消失。一项大型回顾性综述显示，不稳定PE患者进行溶栓治疗相较于仅使用抗凝治疗，可降低死亡率。此类患者联合溶栓治疗和腔静脉滤器可能会进一步减低死亡率。
一项纳入16个随机研究的meta分析，比较溶栓和抗凝治疗肺栓塞患者，包括中危、血流动力学稳定的右心室功能障碍患者，Chatterjee等发现，与标准抗凝治疗相比，溶栓治疗后死亡率降低了47%，但相关的主要出血事件增加了2.7倍。
但研究者也发现，65岁以下溶栓治疗患者的主要出血发生率无显著增加。溶栓治疗与颅内高出血风险和低肺栓塞复发风险相关。
在随机临床研究未清晰阐明溶栓治疗的发病或死亡获益前，溶栓治疗急性肺栓塞仍存在争议（尤其是管理中危患者）。目前被接受的溶栓治疗适应症包括血流动力学不稳定（收缩压＜ 90 mm HG）或临床风险因素评估说明有可能发生低血压。
