医改的责任主体是各级政府，而非卫生计生行政部门。破除以药补医，建立医疗卫生机构维护公益性、调动积极性、保障可持续运行新机制，首先在于政府自身的改革。目前，政府的医改办大多放在了卫生行政部门，但卫生计生行政部门既不管资金项目，也不管人事薪酬，更不管职能编制和价格，处处需要其他部门“协调”，属明显弱势部门。所以，深化医药卫生体制改革成功，首先要对政府职能改革到位。
一是改革政府职能，各级党委政府“一把手”牵头抓医改。当前，社会上对医改有一个极大的认识误区。就是一提医改好像就是卫生计生行政部门的事情，好像只改医疗而与其他工作无关。其实不然，医改是一项重大系统性的民生工程，牵涉到方方面面，是各级党委政府的一件大事。其责任主体是各级党委政府，第一责任人是党委政府的“一把手”，而非某一个行政部门，更不应该是卫生计生部门一家的事。
同时，医改牵涉面之广，复杂程度之高，是前所未有的。不仅牵涉到卫生（医疗）、人力资源和社会保障（人事制度、分配制度、医保）、食药监部门（医药）、编办（机构、职能、编制），还牵涉到发改、财政、物价、商务、教育、工信、国资委、工会、残联、宣传、组织、军队等20个部门和系统，足见其复杂程度。这些部门能否打破行业部门利益，真正站在全局的立场上考虑问题和决策，其关键在于当地党委政府，尤其是“一把手”的重视程度和站位是否高、统筹力度是否大、是否把民生放在第一位有直接关系。
从近年来医改实践情况来看，也恰恰证明了这一点。凡是改革力度大、医改成效明显的地方，福建、安徽、江苏、青海等地都是党委书记、省长同时担任医改领导小组组长。三明市位于福建省中西部山区，经济欠发达，县（市）大多为贫困县。就是在这么一个地方，区域性、整体性、协同性综合医改却走在全国前列。其重要成因之一，就是市委、市政府高度重视，市委书记、市长授权，市委常委挂帅，充分整合财政、人力资源和社会保障、卫生计生等部门，医改取得巨大成效，百姓从中得到了实实在在的好处。有许多地方，各方面条件比三明市要好，但医改工作却平平，这确实需要问一个为什么。
二是改革考核机制，将医改等民生工程列为重点。当前，虽然中央有要求，“不以GDP论英雄”，但地方政府的考核激励机制仍以GDP为重点，主要领导没有积极性去投资卫生、健康等民生项目。在一些地方过分强调经济发展，而把健康、环境等民生要素边缘化，政府应该承担的责任落实不够。应该把一个地区人民的幸福指数、生活水平、人均期望寿命、婴儿死亡率、个人卫生费用支出情况等指标纳入地方政府考核体系。经济欠发达的三明市能够抓好医改，实践证明，这和财政收入的多少没有直接关系，关键是领导怎么想、怎么看、怎么干。
三是改革多头管理，减少部门交叉。与医改有直接关系的政府部门有20个左右，这种权力的分割程度在世界上可能是独一无二的。这种职能高度分散，权责不对等的管理体制，不利于统筹各方资源，提高工作效率，更不利于问责制、倒查机制的落实。
正是意识到医改“牵一发而动全身”，国家从最初的改革方案设计开始，就协调了16个部委共同参与。现在国务院医改领导小组组成部门大约有20个。一个文件从起草到征求意见，再到印发这个过程中，只要有一个部门存在分歧，这个文件就难以出台。
2012年2月14日，时任广东省省长的朱小丹表示，“改革最大的阻力来自既得利益格局，没有革自己的命的决心和勇气，就突破不了与科学发展、与市场经济不相适应的政府部门权力利益格局，行政审批制度改革就难以深入。”减少部门交叉，实行“大部制”，提高工作效率，以免各出政策，目标、步调不一致，使得改革措施难以落实到底。尤其是在对医院的管理、医保基金的管理、医学院校的管理、医学生招生、就业等各方面的管理，集中到一个部门更加合理，在此方面国外有不少成功经验的做法。
四是理顺隶属关系，还权于卫生计生。大量公立医院院长的任命权并不在卫生计生部门，尤其是各地规模较大、技术力量较强的医院，人事任免权有的在组织部门，有的在宣传部门，有的在教育部门，有的在国资委、发改委、民政等部门，有的是部队医院。医疗机构管理的“九龙治水”问题相当突出。“路线一旦确定之后，干部就是决定性的因素。”这早已被无数历史事实证明的真理。没有人权就管不住“人”，管不住人就管不住事，管不住人、事又怎么管医院？可是一旦出了问题就找卫生计生行政部门问责，说什么卫生实行的是“属地化管理”。说到底，没有人权、财权、事权又何谈“属地化管理”，这其中是部门利益在作祟。
无论隐藏在背后的是什么，与人民群众利益相比，与我们党的执政地位和社会长治久安相比，与医药卫生体制改革大业相比，都是无足轻重的。应该尽快将政府办的各级各类医院的人权、财权、事权还给卫生计生行政部门，其他政府部门管理的医院划转给卫生行政部门管理，借改革之机彻底解决好这些影响卫生事业长远发展的根本性问题。
