1、卢戈氏液碘
只适用于对食管粘膜病变的诊断。其原理是利用食管鳞状上皮细胞中含有糖原，糖原遇碘则呈棕色的着色反应。若粘膜鳞状上皮因各种原因，如肿瘤、炎症、瘢痕及基底细胞增生等造成粘膜细胞的缺失或损伤，使糖原丢失或减少，遇碘则不出现正常着色反应，而呈不染或染色不良，与正常食管粘膜的着色象形成鲜明对比，肉眼极易识别。相反，当食管粘膜的鳞状上皮增生，如食管棘皮症，因细胞内糖原含量丰富，遇碘着色则深，呈深棕色染色象。正常食管粘膜对碘则呈棕色绸布样均匀着色象。
根据染色深度，大致可以分为四级：
I级浓染：比正常的粘膜颜色要深，呈深棕褐色，常见于食管糖原棘皮病
II级正常染色：正常粘膜呈棕褐色
III级淡染：染色较浅，呈棕色或浅褐色，多见于低级别上皮内瘤变或食管炎症
IV级失染：碘染后失染，多见于Barrett食管、食管浸润癌、原位癌或高级别上皮内瘤变
Barett食管碘染后，病变区域不染色，正常区域呈棕褐色
2、美蓝
美蓝染料可与癌细胞所分泌的粘液紧密结合，并可向癌组织间隙侵越。在病灶着色区呈现蓝色的深浅，与癌变细胞分泌的粘液量即恶性坏死物的多少密切相关。细胞在异型分化的过程中，分化程度越差，分泌粘液量就越多。美蓝染色随着癌细胞分泌粘液的逐渐增多，其着色的程度也逐渐加深。癌和各类异型增生的恶变程度不同，美蓝染色的程度亦各异，由此根据异型增生粘膜和早期胃癌经内镜下直接喷洒低浓度美蓝染色后，其着色区图像同组织学诊断明显相关的特征和规律，在已取组织证实为早期胃癌及癌前病变区进行，（前通过向胃膜喷洒药物观察粘膜颜色改变可清晰地显示出病变的隆起高度、凹陷深度、底部及皱襞的形态等，从而较准确地判定癌的浸润深度，从而初步确定病变的范围、大小、高度，使普通内镜检查治疗时容易遗漏的一些微小病变通过染色得以发现。
胃角部美蓝染色，癌变区域染色深蓝
3、靛胭脂
正常消化道粘膜是光滑的，当有微小病变，如溃疡、癌变等，表面就会发生变化，但是在早期由于病变范围很小，很难在普通内镜下发现。但是当对粘膜喷洒染色剂后，表面光滑的部分，靛胭脂不能沉淀而全部沉积在粘膜皱襞的沟纹之间，与桔红色粘膜形成鲜明对比，在直视下，形成连续的线条，显示出粘膜的细微凹凸变化及其立体结构，如喷洒靛胭脂后病变边界不清，则多为炎症反应；如边界清晰，也就是内镜医师常说的“definition line”这时需要抵近观察病变部位组织细节，如有小凹形态异常，应引起注意，有条件的应使用共聚焦显微内镜仔细观察纤体及细胞形态，并应在此病变部位取活检，进行病理学诊断。
4、电子染色
实际上并不是真正的染色，而是根据不同的原理使病变组织和正常组织成像出现差异进行观察。现在介绍几种比较常用的电子染色方式。
I-SCAN：最大的特色在于色调增强功能。i-scan电子染色诊断技术可以强调黏膜内血管走向和病变黏膜与周围正常黏膜间的对比情况， 并且针对消化道不同部位黏膜的特性，通过主机软件系统针对性设计染色功能，从而使得不同部位病变显示出最佳光染色效果。这种诊断技术可以较好显示病灶黏膜和周围正常黏膜之间的界限，正常粘膜呈暗青色，胆汁多呈红色，肠化区域多为蓝色，异常增生区粘膜通常不变色。
I-SCAN模式下，正常的粘膜呈暗青色，病变部位的粘膜通常不变色
NBI：窄带成像内镜 （narrow-band imaging）显示粘膜表面微细结构和粘膜下血管较传统的白光模式内镜清楚，立体感更强。NBI观察正常食管粘膜呈淡青色，放大下可清晰看到表浅血管呈褐色；粘膜下层血管呈蓝绿色，它能清晰观察病变部位的范围、表面结构、粘膜下血管及腺管形态，尤其强调蓝光着重显示粘膜表面毛细血管的形态结构。无论是早癌、恶性息肉、还是粘膜异常增生、炎症或多或少都伴有血管增生，病灶表面的纹理和周边正常的组织也不相同。由于良性病变血管增生相对较少，病变区域褐色不明显或较淡，而食管癌的毛细血管异常丰富，在病变早期即出现，NBI下显示病变区域呈明显的褐色，与周围正常粘膜有着明显对比，放大观察可以更清晰识别界限，能够观察到在褐色区域内密集增生的异形IPCL的形态， IPCL改变是鉴别癌与非癌组织和诊断癌浸润深度的主要手段。
正常食管NBI图像，清晰显示了IPCL的形态
Barrett食管NBI下图像，不仅清晰显示了边界，还很好的显示了病变区域内粘膜的细节
食管早癌NBI下图像，清晰显示边界，可以看到粘膜表面粗糙
FICE：智能电子分光技术（ Fuji intelligent chromo-endoscopy，FICE） 具有较高强度的光源， 可选择3 种波长的光谱组合成最多达 50 种的设置， 从而获得不同黏膜病变的最佳图像。FICE 可更方便地提供清晰的血管图像， 有助于早期胃癌的诊断， 提高活检准确率。
6、醋酸染色
1.5% 的乙酸喷洒于胃黏膜表面可使黏膜发白， 根据黏膜病变和肿瘤分化程度不同， 黏膜发白的持续时间变化较大。正常黏膜发白时间较长， 而低分化癌或黏膜下层癌发白时间较短。
管状腺瘤伴低级别上皮内瘤变A：白光下B：NBI C：醋酸染色D：醋酸染色后NBI观察
绒毛状腺瘤伴高级别上皮内瘤变：A：白光下B：NBI C：醋酸染色D：醋酸染色后NBI观察
6.肾上腺素
喷洒 0. 05 g/ L 肾上腺素后， 非癌黏膜从粉红色变为白色， 用放大内镜观察无异常微血管； 而癌组织黏膜仍为粉红色， 微血管结构扭曲变形。
消化内镜技术的发展日新月异，染色方式应根据自己的临床实际及具体的病情要求灵活运用，可以单用一种染色方法，也可以几种染色方式一起使用，亦可以与放大内镜的技术有机结合，以期获得最佳的观察效果，提高诊断水平。
