牙周炎是一种发生在牙周支持组织的感染性疾病，菌斑细菌是其发生的始动因子，宿主的防御反应也对牙周病的发生发展产生重要影响，清除致病因子和阻断牙周疾病的病理过程是牙周病治疗的关键。机械方法(龈上洁治术、龈下刮治术及根面平整术)清除牙菌斑是治疗牙周病的首选方法，药物治疗只是牙周炎治疗的辅助手段。
Moore 等发现目前在牙周袋中存在大约500多种可培养的细菌 ，这些细菌形成了结构复杂而有序的龈下菌斑生物膜。菌斑生物膜在唾液及龈沟液中各种矿物离子的作用下逐渐矿化，形成贴附于牙根面的龈下牙石 。研究发现，菌斑生物膜对抗生素作用的抵抗性是悬浮状独立存在的细菌群的1000~1500倍，菌斑生物膜可能通过以下机理产生耐药性，即：⑴生物膜基质的屏障作用。该作用限制了药物分子的弥散，当基质与药物结合时，还可中和药物活性。⑵生物膜某些细菌破坏了抗生素的活性结构，从而为其他细菌提供了保护作用。此外，生物膜状态下的细菌可能表达某些特殊的基因型和表型，来产生更多的防御机制。
目前以机械方法(龈上洁治术、龈下刮治术及根面平整术)清除牙菌斑, 破坏其生物膜结构,已被证明是最行之有效、且应用最为广泛的针对牙周病病因的治疗手段。它不仅能最大限度地清除牙菌斑生物膜, 也为抗菌药物的应用创造了有利条件。
牙周炎的药物治疗包括全身和局部用药，全身用药主要有以下三类，即抗菌类药物（青霉素类、四环素类、大环内酯类、硝基咪唑类、喹诺酮类等)及宿主免疫调节类药物（非甾体类抗炎药、多西霉素和化学修饰性四环素、双磷酸盐类药物）和中药（如补肾固齿丸等）。牙素凝胶、甲硝唑凝胶、洗必泰膜等。
那么在牙周病的治疗过程中究竟哪些情况需要辅助使用药物呢？主要包括以下几方面：⑴口腔内存在一些器械不易到达的部位，例如：窄而深的骨下袋、根分叉病变等。⑵微生物可侵入牙周组织。例如： 牙周袋内壁上皮等。⑶口腔内其它部位（舌背、颊粘膜、扁桃体等）的微生物。⑷巩固疗效，防止复发。⑸牙周组织急性感染。⑹某些全身性疾病（糖尿病、HIV感染、风湿性心脏病等）患者。
药物治疗是牙周基础治疗和手术治疗的一种辅助手段，为了避免药物滥用，在牙周药物治疗过程中应遵循以下原则：⑴遵循循证医学的原则，合理使用药物。一般情况下，牙龈炎及轻中度牙周炎不需要使用抗菌药物。⑵用药前或用药的同时，必须清除菌斑牙石，以扰乱菌斑生物膜的结构，使药物能够作用于残余的细菌，发挥辅助治疗作用。⑶用药前尽量作细菌学检查及药敏实验，有在针对性的使用窄谱抗菌药，有计划的用药。⑷尽量采取局部给药途径，以避免或减少耐药菌株的产生和毒副作用。
总之，药物治疗无法取代机械性牙周治疗，只能作为牙周系统治疗中可供选择的辅助性手段。
