因本病病程有较好的规律性，分期论治，方能有的放矢；清、消、补、温治法选择得当，方能衡通阴阳。首先，清热解毒是治疗传染性单核细胞增多症的根本大法，可贯穿治疗始终。其次，痰瘀的清除是诊治的关键，热毒无所依附，从而有利于清热解毒效应的发挥。清其热、解其毒、祛其痰，化其瘀，才能阻止病变的发展，防止津液气血的损伤，扭转病势的恶化，恢复肌体因病而失于协调的平衡状态。清热解毒与化痰消瘀相辅相成，构成治疗传染性单核细胞增多症的重要方法。
初期为邪郁肺卫，以清解为主，重在改善发热及咽痛症状，使邪从表解。极期症状多样，重驱邪，防伤正，顾护阴液、气血。毒热炽盛于气分，见高热明显大便秘结者，可重用石膏、知母，或加川黄、朴硝以“急下存阴”；咽喉肿痛明显者可加僵蚕化痰散结、消肿止痛。对合并黄疸者，除应用退黄利湿中药外，思湿邪可伤及脾肝，脾失健运，肝失疏泄，故黄疸易瘀滞而难消除，正虚邪恋，可用焦白术、砂仁芳化开胃，健脾和中，生芪、当归、杭白芍益气养血，香附舒肝理脾，祛邪为主，扶正为辅；对于瘰疬、?瘕者，应区分寒热，不要一味活血化瘀。依瘰疬及?瘕性质，选用化痰散结、软坚散结、破血消?方药。内经有云“阳化气，阴成形”，痰瘀内生亦可由寒湿内生而产生或加重，小儿素体为稚阴稚阳，热病伤阴耗气，因而苦寒之剂慎勿过剂，以免克伐小儿生生之气，在清热、解毒、散结、化瘀的同时，不忘兼顾养阴益气，健脾养血，使驱邪不伤正。后期以余热未清而气阴两虚见证为主，应扶正为主，兼顾驱邪，注意清而不寒，补而不滞，驱邪不伤正，以阴津生，而虚热除，诸证自愈。
