目前，牙周病的药物治疗主要针对菌斑微生物，牙周机械治疗是清除菌斑生物膜的首选方法，单纯的药物治疗不能替代，药物治疗是辅助机械治疗的方法。
药物治疗的优势、使用原则及时机牙周的机械清创存在一定局限：①深牙周袋底部、根分叉区域器械难以到达;②不能清除侵入到牙周组织内的微生物;③舌背、扁桃体、咽部等非牙周区域的牙周致病菌也不能被清除，易于在口腔内传播而在牙周袋再定植;④机械清创中产生菌血症，可能致某些伴全身系统性疾病的患者发生感染等并发症。药物治疗对解决上述问题能起到好的辅助作用，一般分为局部用药和全身用药。
为避免无指征的滥用抗菌药物导致药物的不良反应、细菌耐药等问题，应遵循的用药原则是：①遵循循证医学的原则，合理使用药物。一般情况下，抗菌药物不应用于牙龈炎和轻、中度的牙周炎，而限定在特殊的患者群，包括：侵袭性牙周炎;重度和进展性牙周炎;对机械清创治疗反应不佳的牙周炎;急性牙周感染者;某些全身系统性疾病(如糖尿病、风湿性心脏病、植入人工心脏瓣膜者、免疫缺陷病等)患者。②选用抗菌消毒剂可达到效果的，就应尽量避免选择抗生素;抗生素的选择应有针对性，选择窄谱药物并足量应用满疗程，能做药敏试验指导用药最佳。③适当选择联合用药，有计划的轮换用药，尽可能使用价格低廉、普遍应用的药物，避免使用针对全身严重感染的强效抗菌药物。④尽量采用局部用药，必需全身用药时，主要方式是口服给药。
一旦需用抗菌药物，应该根据使用目的在最佳时机用药以获得最佳效果。最佳时机包括：①抗菌药物治疗前或治疗的同时，必须彻底地清除菌斑和牙石，破坏菌斑生物膜的结构;②口服抗生素也可在菌斑已受干扰但又未重新形成时进行;③基础治疗评估后，口腔内仍有少量局限的深牙周袋且探诊出血，“搅乱”龈下生物膜结构后，袋内局部使用缓释/控释药物。④复杂牙周手术(如牙周组织再生术、根面覆盖手术等)、种植手术后，给予口服抗生素抗感染，漱口液辅助菌斑控制。⑤某些全身系统病患者需在清创治疗前0.5～1小时先预防性口服抗生素减低菌血症对全身的危害。
局部用药和全身用药①局部用药：有含漱、涂布、局部冲洗以及牙周袋内缓释和控释药物的使用等方法。
前三者的作用时间都很短暂，对牙周袋内的菌群没有显著影响。最常用的含漱剂为0.12%～0.2%的氯己定溶液(也称洗必泰溶液)，其次还有精油、西吡氯铵溶液、氟化亚锡液等。这些含漱剂可作为机械清除菌斑和牙石的一种辅助措施，牙周手术后常规使用抗菌斑含漱剂辅助菌斑控制。
放置在龈下的缓释和控释药物则能够靶向直接作用于牙周袋内的病变组织，使病变局部能较长时间维持有效药物浓度，达到抑菌、杀菌的作用。常用的缓释抗菌制剂有2%米诺环素软膏，一次用药可维持有效药物浓度达1周，辅助刮治和根面平整治疗深牙周袋，其临床疗效稍优于单独的刮治和根面平整。甲硝唑药棒是国内自行研制生产的局部缓释制剂，商品名为“牙康”，对牙周脓肿和深牙周袋的治疗效果良好，但有效药物浓度维持仅约2~3天。
②全身用药：口服给药的常用药物有硝基咪唑类，最具代表的是甲硝唑，是一种高效价廉、能杀灭专性厌氧菌的药物，不易引起菌群失调，也不易产生耐药菌株，其次也可适当选择其二代产品替硝唑和奥硝唑。另一种常用药物是青霉素类药物，最具代表的是阿莫西林，对G+菌及部分G-菌有强力杀菌作用，常与甲硝唑联合使用治疗侵袭性牙周炎和重度慢性牙周炎。
此外，大环内酯类药物如罗红霉素也可单独或与抗厌氧菌药物联合应用。四环素类药物对牙周炎有很好的抗菌、抗炎作用，但鉴于在我国有较广泛的耐药性，则更多利用其抗炎特性口服小剂量强力霉素(多西环素)，而不是抗菌的作用。以古方六味地黄丸为基础的固齿丸、固齿膏等中药，对接受了牙周系统治疗的患者维持和巩固疗效有一定益处。
