诊断依据：
生殖器念珠菌病的临床症状表现多种多样，因而诊断应根据相应临床特点并结合真菌学检查，鉴于念珠菌是人体常驻菌，所以标本培养阳性或镜检只见到少数 孢子时，只能说明有念珠菌存在，不能诊断为念珠菌病，只有镜检看到大量芽孢子，假菌丝或菌丝时，才能说明该菌处于致病状态，必要时做病理检查，发现真菌侵 入组织可作出诊断。
1、外阴阴道念珠菌病
（1）症状：外阴瘙痒或刺激症状，阴道分泌物增加。
（2）体征：外阴潮红肿胀，散在抓痕或表皮剥脱，慢性感染者外阴皮肤肥厚呈苔藓样变;阴道黏膜充血，红肿或糜烂，阴道分泌物呈奶酪样凝块或豆渣样。
（3）实验室检查：显微镜检查可见假菌丝或芽生孢子阳性;念珠菌培养阳性。
对有典型外阴阴道症状和体征的患者可作出外阴阴道念珠菌病的临床诊断；对同时还具备实验室检查中任何一项指标的患者可作出明确诊断。
2、念珠菌性包皮龟头炎
临床上有相关表现，特别是包皮内板及龟头冠状沟处有白色奶酪样斑片或密集的红色小丘疹，应考虑为本病，实验室做真菌镜检及培养，见到酵母样菌，假菌丝或芽生孢子。
鉴别诊断
本病主要与滴虫性阴道炎及由滴虫引起的男性非淋病性尿道炎相鉴别。
1、滴虫性阴道炎：阴道分泌物增多呈泡沫状，有时可呈浆液性或脓性，味恶臭，并可有尿道炎，膀胱炎，宫颈炎，尿道旁腺及巴氏腺感染，偶有肾孟肾炎，可出现排尿困难，血尿及夜尿，阴道检查可见宫颈充血，阴道壁充血，水肿，并有出血点，呈草莓状外观的特征性表现，可查到阴道毛滴虫。
2、男性非淋菌性尿道炎：症状较淋病轻，表现为尿道瘙痒，不适或排尿困难，可有脓性分泌物，亦可引起膀胱炎，前列腺炎或附睾炎，尿道分泌物可查到滴虫。细菌性阴道病 无外阴炎的刺激症状或体征，阴道分泌物为稀薄而均匀一。
3、外阴皮肤病： 外阴阴道念珠菌病还需与有外阴瘙痒或刺激症状的湿疹，神经性皮炎，外阴瘙痒症，扁平苔藓等皮肤病进行鉴别，这些皮肤病仅有外阴瘙痒和（或）外阴炎的症状和体征，无阴道炎表现，阴道分泌物做真菌镜检或培养为阴性。
4、其他：如包皮龟头炎。
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